小儿毒脓血症可能引发神经系统、运动系统、呼吸系统、心血管系统、消化系统等多系统后遗症，如神经系统智力发育迟缓、癫痫发作等；运动系统肌肉萎缩、运动功能障碍等；呼吸系统肺功能下降等；心血管系统心肌损伤、心律失常等；消化系统消化功能紊乱等，对小儿各方面发育和健康有长期影响，需关注并进行相应康复及检查调理。
运动系统后遗症
在运动系统方面，可能出现肌肉萎缩。由于毒脓血症导致患儿长期卧床或者身体机能下降，肌肉缺乏有效的运动刺激，从而发生萎缩。另外，还可能出现运动功能障碍，如肢体活动不灵活等情况。这是因为感染过程中炎症等因素影响了神经对肌肉的控制，对于正处于生长发育阶段的小儿，运动系统的恢复相对复杂，可能需要长期的康复训练来改善。
呼吸系统后遗症
毒脓血症可能遗留呼吸系统后遗症，例如肺功能下降。患儿在患病期间肺部受到感染等影响，即使感染得到控制，肺组织的修复可能不完全，导致肺的通气和换气功能受到影响。表现为活动后气促等症状。对于有基础肺部疾病或者本身肺功能较弱的小儿，感染引发的毒脓血症对其呼吸系统的损害可能更为严重，日后需要密切关注其呼吸状况，在生活中注意避免呼吸道感染等加重肺功能损害的因素。
心血管系统后遗症
心血管系统方面，可能出现心肌损伤后的相关问题。毒脓血症可导致心肌细胞受损，影响心脏的正常功能，可能出现心律失常等情况。长期来看，还可能影响心脏的收缩和舒张功能，导致心功能下降。小儿正处于心血管系统发育阶段，毒脓血症对其心血管系统的影响可能会对未来的心血管健康产生长期影响，需要定期进行心脏相关检查，如心电图、心脏超声等。
消化系统后遗症
消化系统也可能受到影响，出现消化功能紊乱。毒脓血症期间胃肠道黏膜可能受到损伤，导致消化酶分泌异常等情况，患儿可能出现食欲不振、腹泻或者便秘等问题。对于婴幼儿，消化系统本身较为脆弱，毒脓血症对其消化功能的影响可能影响营养的吸收，进而影响生长发育，需要在康复过程中注重消化系统的调理，保证营养的摄入。
