反流性食管炎有典型症状和非典型症状，典型症状包括烧心（餐后1小时出现，卧位等可加重）和反流（无恶心用力时涌入咽部口腔，空腹尤其夜间可出现）；非典型症状有胸痛（胸骨后剧烈刺痛可放射，卧位前倾加重需与心疾病鉴别）、吞咽困难（初期间歇性后期持续性，老人等易出现需警惕癌变）、咽喉部症状（刺激咽喉致咽喉炎等，儿童易误诊为呼吸道疾病），特殊人群中老年症状不典型易延误，儿童以呼吸道症状为主，孕妇因激素等易发病且治疗需谨慎。
烧心：是反流性食管炎最常见的症状，多在餐后1小时出现，卧位、弯腰或腹压增高时可加重。这是由于胃酸反流至食管，刺激食管黏膜神经末梢所致。例如，进食过多过饱后，胃内压力升高，更容易出现烧心症状；肥胖人群由于腹部脂肪堆积，腹压较高，也较易发生烧心。
反流：指胃内容物在无恶心和不用力的情况下涌入咽部或口腔的感觉，可分为酸味反流和苦味反流。部分患者在空腹时也可能出现反流，尤其在夜间睡眠时，反流物可能会刺激咽喉部，导致晨起后口腔有异味或咽部不适。
非典型症状
胸痛：疼痛部位多在胸骨后，严重时可呈剧烈刺痛，可放射至心前区、后背、肩部、颈部、耳后等部位，有时酷似心绞痛，可伴有或不伴有烧心和反流症状。这是因为食管痉挛或反流物刺激食管神经引起的牵涉痛。需要注意与心绞痛等心脏疾病相鉴别，心脏疾病引起的胸痛通常与活动、情绪激动等有关，而反流性食管炎引起的胸痛在卧位、前倾位时加重。
吞咽困难：初期可因食管炎引起继发性食管痉挛而出现间歇性吞咽困难，后期则可因食管瘢痕形成狭窄，出现持续性吞咽困难。老年人或有长期反流病史的患者更易出现吞咽困难，且需警惕食管癌变导致的进行性吞咽困难。
咽喉部症状：反流物刺激咽喉部可引起咽喉炎，出现声嘶、咽部异物感或堵塞感等症状。儿童患者可能表现为反复清嗓、咳嗽等，容易被误诊为呼吸道疾病。
对于特殊人群，如老年患者，由于其感觉迟钝，反流性食管炎的症状可能不典型，更易延误诊断；儿童患者的症状可能以咳嗽、喘息等呼吸道症状为主，需注意鉴别；孕妇由于激素变化和子宫增大导致腹压升高，也较易发生反流性食管炎，症状可能更为明显，且需考虑到药物对胎儿的影响，在治疗上需更加谨慎。
