秋季腹泻初期有类似感冒症状，如发热、鼻塞流涕等，消化系统有腹泻（每日数次至十余次，水样或蛋花汤样便，易致脱水）、呕吐（多在腹泻前或同时，吐胃内容物）等症状，还会有全身不适（精神不佳、食欲减退等，不同年龄表现略有差异，有基础疾病患儿症状更重，接触感染源易发病）。
一、初期症状
秋季腹泻通常起病较急，初期可能会有类似感冒的症状，比如部分患儿会出现发热，体温多在38℃-39℃左右，这是因为轮状病毒等病原体感染后引发机体的免疫反应，导致体温调节中枢紊乱。同时，可能伴有鼻塞、流涕等上呼吸道感染表现，这是由于病毒首先侵犯呼吸道黏膜相关组织。
二、消化系统症状
1.腹泻
腹泻是秋季腹泻最主要的症状之一，每日腹泻次数较多，一般可达数次至十余次甚至更多。大便多为水样或蛋花汤样，颜色可为黄色、黄绿色等，质地稀薄，这是因为病毒感染导致肠道黏膜受损，吸收功能障碍，水分和电解质不能正常吸收，从而形成大量稀便。
对于婴幼儿来说，频繁腹泻容易导致脱水，需要密切关注其精神状态、尿量等情况来判断脱水程度。如果患儿精神萎靡、尿量明显减少，可能已经出现中度或重度脱水。
2.呕吐
部分患儿会出现呕吐症状，多发生在腹泻之前或同时。呕吐物为胃内容物，一般不含有胆汁，这是因为胃肠道受到病毒感染后，蠕动功能紊乱，胃排空加快引起呕吐。年龄较小的婴儿可能会表现为吐奶频繁，需要注意避免误吸。
三、其他症状
1.全身不适
患儿可能会出现精神不佳、食欲减退等全身不适症状。由于腹泻和呕吐导致营养物质丢失，身体能量供应不足，所以患儿会显得乏力、精神萎靡，对周围事物的兴趣降低，吃奶或进食量明显减少。
对于不同年龄的患儿，表现略有差异。新生儿患秋季腹泻时，可能症状不典型，除了腹泻、呕吐外，可能仅表现为哭闹不安、体温异常等，需要家长仔细观察。而较大的儿童可能会诉说腹痛等不适，但腹痛程度一般相对较轻，多为腹部隐痛。
从生活方式角度看，若患儿在秋季接触了感染源（如接触了患有秋季腹泻的患儿或污染的物品等），更容易发病。有基础疾病的患儿，如患有先天性心脏病、营养不良等疾病的患儿，感染秋季腹泻后症状可能会更重，恢复时间也可能更长，因为其自身免疫力相对较弱，机体对病毒感染的应对能力较差。
