大多数手足口病患儿预后良好，不留后遗症，少数重症患儿可能存在后遗症，如神经系统方面婴幼儿重症可能遗留智力、运动等障碍，呼吸系统方面重症可能遗留肺功能下降，心血管系统方面个别重症可能遗留心肌损伤等问题，需对重症患儿密切随访并及时干预康复。
一、大多数患儿预后良好，不留后遗症
手足口病是由肠道病毒引起的传染病，多数患儿症状较轻，经过及时治疗后可痊愈，一般不会留下后遗症。例如，普通肠道病毒如柯萨奇病毒A16型引起的手足口病，患儿主要表现为手、足、口腔等部位的皮疹、疱疹或溃疡，经过对症支持治疗，如隔离、退热、口腔护理等，1-2周左右即可康复，神经系统、呼吸系统等一般不会受到永久性损伤。
二、少数重症患儿可能存在后遗症
1.神经系统方面
年龄因素影响：对于婴幼儿等年龄较小的重症患儿，更容易出现神经系统并发症。例如，感染肠道病毒71型（EV71）的重症手足口病患儿，可能出现无菌性脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎等。部分患儿在急性期恢复后可能会遗留神经系统后遗症，如智力低下、学习困难、行为异常、运动障碍（如肢体瘫痪、共济失调等）。这是因为EV71病毒容易侵袭神经系统，对神经系统造成不可逆的损伤，而婴幼儿的神经系统发育尚不完善，自我修复能力相对较弱。
具体表现及机制：神经系统后遗症的发生与病毒对神经细胞的直接破坏以及炎症反应导致的神经组织损伤有关。患儿可能出现长期的运动功能障碍，影响其正常的肢体活动和运动发育；在智力和认知方面，可能表现为记忆力减退、注意力不集中、学习能力下降等。
2.呼吸系统方面
病史相关：少数重症手足口病患儿会出现严重的呼吸系统症状，如神经源性肺水肿等。经过治疗病情稳定后，部分患儿可能会遗留呼吸系统的后遗症，如肺功能下降，表现为活动后气促等。这是由于严重的肺部病变导致肺组织损伤，影响了肺的正常通气和换气功能，而患儿在患病前的基础肺功能状况以及患病时病情的严重程度等病史因素会影响后遗症的发生风险和严重程度。
3.心血管系统方面
特殊人群风险：个别重症手足口病患儿可能出现心血管系统的并发症，如心肌炎等。对于有基础心血管疾病或本身免疫力较低的患儿，发生心血管后遗症的风险相对较高。可能遗留心肌损伤、心律失常等问题，影响心血管的正常功能，在日后的生活中可能表现为活动耐量下降等情况。
总体而言，大多数手足口病患儿不会留下后遗症，只有少数重症患儿可能根据病情严重程度、年龄等因素遗留不同程度的后遗症。对于手足口病患儿，尤其是重症患儿，需要密切随访，早期发现可能出现的后遗症并及时进行干预和康复治疗。
