基孔肯雅热治愈后多数患者无后遗症，但少数人可能遗留长期问题。
大部分基孔肯雅热患者经过及时有效的治疗，身体能完全恢复健康。在急性期，患者会出现发热、关节疼痛、皮疹等症状，随着病情得到控制，这些症状会逐渐消失，不会对身体健康和日常生活造成持续影响，治愈后基本不会留下后遗症。
然而，有部分患者情况特殊。尤其是那些病情严重、关节受累明显，或者治疗不及时、不彻底的患者，可能会出现长期的关节疼痛和僵硬。这种疼痛可能持续数月甚至数年，严重影响关节功能，导致患者行动不便。此外，极个别患者还可能出现神经系统方面的后遗症，如头痛、头晕等。
