扁平疣彻底根除方法为药物治疗、物理治疗、手术治疗。
1.药物治疗
常见的有维A酸软膏、水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏等。维A酸软膏可调节上皮细胞的增殖和分化，促进表皮更新；水杨酸软膏具有角质剥脱作用；咪喹莫特乳膏可诱导细胞因子产生，调节局部免疫。对于儿童，尤其是低龄儿童，使用外用药物需谨慎，应在医生指导下进行，避免药物刺激皮肤。免疫调节剂如左旋咪唑、转移因子等可调节机体免疫功能，增强抗病毒能力。
2.物理治疗
冷冻治疗利用液氮的低温使疣体组织坏死、脱落。该方法适用于疣体较小、数量较少的情况。不过，冷冻治疗可能会引起疼痛，对于儿童患者，需考虑其耐受性；老年人皮肤修复能力较差，治疗后恢复时间可能较长。激光治疗通过激光的热效应直接破坏疣体组织。激光治疗效果较明显，但可能会留下色素沉着或疤痕，对于有美容需求的患者，尤其是女性患者，需谨慎选择。同时，激光治疗有一定的疼痛感，儿童可能难以配合。
3.手术治疗
对于个别较大的疣体，可考虑手术切除。手术治疗有一定的创伤性，术后需要注意护理，避免感染，对于瘢痕体质者可能会留下明显疤痕。
