扁平疣不是尖锐湿疣，二者病原体不同，扁平疣由HPV3型等引起，尖锐湿疣由HPV6型、11型等引起；临床表现不同，扁平疣好发青少年颜面等部位，为扁平丘疹，尖锐湿疣好发性活跃中青年生殖器等部位，为多样丘疹；治疗方法不同，扁平疣用外用药、冷冻等，尖锐湿疣用外用药、物理治疗等且易复发需定期复查，不同人群患病表现不同，特殊人群治疗需谨慎。
扁平疣不是尖锐湿疣，它们是由不同病毒引起的两种不同疾病，具体区别如下：
病原体不同：扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）中的HPV3型等感染引起；尖锐湿疣是由HPV中的HPV6型、HPV11型等低危型以及HPV16型、HPV18型等高危型感染引起。
临床表现不同
扁平疣：好发于青少年，多发生在颜面、手背及前臂等部位。皮疹一般为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质地较硬，正常肤色或淡褐色，多骤然出现，数目较多且密集。
尖锐湿疣：好发于性活跃的中青年，主要通过性接触传播，好发部位为生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区。初起为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增多增大，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状等外观，疣体表面凹凸不平，粗糙。
治疗方法不同
扁平疣：治疗可采用外用药物如维A酸乳膏等，也可使用冷冻、激光等物理治疗方法。
尖锐湿疣：治疗方法较多，包括外用药物如鬼臼毒素酊等，还有激光、冷冻、电灼、手术切除等物理治疗，以及对于反复发作等情况可能会用到的免疫调节治疗等，但尖锐湿疣容易复发，治疗后需要定期复查。
不同年龄、性别、生活方式及病史的人群在感染这两种疾病时可能有不同表现，比如青少年由于皮肤屏障功能相对较弱且活动较活跃等因素可能更易患扁平疣；而有不安全性行为的人群尖锐湿疣的患病风险会明显增加。对于特殊人群如孕妇等，患这两种疾病时的治疗需更加谨慎，要充分评估对胎儿等的影响等情况来选择合适的治疗方式。
