扁平疣和尖锐湿疣在病原体、好发部位、传播途径、临床表现、治疗方面存在不同，扁平疣由HPV-3、5等型引起，好发青少年颜面等，通过直接接触传播，无明显自觉症状，可药物、物理治疗；尖锐湿疣主要由HPV-6、11等低危型或高危型引起，好发生殖器及肛门等，性接触为主要传播途径，有潜伏期，初为小丘疹后增大增多，可药物、物理、手术治疗，孕妇等特殊人群治疗需谨慎
病原体方面
扁平疣：由人乳头瘤病毒（HPV）中的HPV-3、HPV-5等型引起，HPV属于双链环状DNA病毒，具有嗜上皮性，主要感染皮肤和黏膜上皮细胞。
尖锐湿疣：主要由HPV中的HPV-6、HPV-11等低危型引起，也有部分患者感染高危型HPV，如HPV-16、HPV-18等，同样是嗜上皮细胞的病毒。
好发部位方面
扁平疣：好发于青少年的颜面、手背及前臂等处，一般为散在或密集分布的扁平小丘疹，大小如针头至米粒，表面光滑，质地较硬，颜色多为淡褐色或正常肤色。
尖锐湿疣：好发于生殖器及肛门等部位，男性多见于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部等；女性多见于大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周等。初起为细小淡红色丘疹，之后逐渐增大增多，可呈鸡冠样、菜花状等外观，质地柔软，触碰易出血。
传播途径方面
扁平疣：主要通过直接接触传播，比如与患者共用毛巾、搔抓后自身接种传播等，机体免疫力低下时更易感染。
尖锐湿疣：主要通过性接触传播，是性传播疾病之一，此外也可通过间接接触传播，如接触被患者污染的衣物、生活用品等，但这种情况相对较少见。
临床表现方面
扁平疣：一般无明显自觉症状，部分患者可有轻微瘙痒。皮疹为扁平丘疹，数目较多且密集，可因搔抓出现同形反应，即沿搔抓部位呈条状排列。
尖锐湿疣：有一定潜伏期，潜伏期长短不一，一般为1-8个月，平均3个月。初发时多为细小淡红色丘疹，逐渐增大、增多，表面凹凸不平，湿润柔软，呈乳头样、菜花样或鸡冠样突起，颜色可为红色、污灰色或正常肤色，根部常有蒂，易发生糜烂、渗液，触之易出血，常伴有恶臭。
治疗方面
扁平疣：治疗方法包括药物治疗（如维A酸类药物、干扰素等）、物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）。药物治疗需根据患者皮肤状况等选择，物理治疗要考虑对皮肤的损伤及恢复情况等。对于儿童患者，由于皮肤较为娇嫩，物理治疗需谨慎选择，优先考虑温和的药物治疗等方法。
尖锐湿疣：治疗方法有药物治疗（如鬼臼毒素、咪喹莫特等）、物理治疗（如激光、冷冻、电灼、微波等）、手术治疗等。在治疗过程中要注意性伴侣的同时检查和治疗，避免交叉感染。对于孕妇等特殊人群，治疗需更加谨慎，要权衡治疗对胎儿的影响等因素。
