寻常疣与尖锐湿疣在临床表现、发病部位、病原体、组织病理、治疗及预后方面存在不同。寻常疣好发于儿童青少年手部等，由低危型HPV感染，病理有特定表现，可物理治疗预后较好；尖锐湿疣通过性接触传播多见于中青年外生殖器等，由高危型HPV感染，病理有典型凹空细胞，治疗复杂易复发影响大。
临床表现方面
寻常疣：多发生于儿童及青少年，好发于手背、手指、足缘等处。损害初起为针尖大的丘疹，渐渐扩大到豌豆大或更大，呈圆形或多角形，表面粗糙，角化明显，触之硬固，呈灰黄、污黄或污褐色，继续发育呈乳头样增殖，摩擦或撞击时易出血。
尖锐湿疣：主要通过性接触传播，多见于性活跃的中青年。好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区。初起为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增多增大，可呈菜花状、乳头状、鸡冠状等外观，表面易发生糜烂、渗液，触之易出血。
发病部位方面
寻常疣：常见于手部等部位，也可发生于身体其他部位。
尖锐湿疣：主要集中在生殖器、肛门等性接触相关部位。
病原体方面
寻常疣：由人乳头瘤病毒（HPV）中的低危型，如HPV-2、HPV-4等感染引起。
尖锐湿疣：主要由HPV中的高危型，如HPV-6、HPV-11等感染引起，这些型别与肛门生殖器部位的尖锐湿疣密切相关。
组织病理方面
寻常疣：表皮角化过度，棘层肥厚，乳头瘤样增生和角化不全，表皮突延长，在棘层上部和颗粒层可见空泡化细胞，其核深染，周围有透亮的晕。
尖锐湿疣：表皮呈乳头瘤样增生，棘层肥厚，有明显的乳头瘤样增生，表皮突增粗延长，其增生程度比寻常疣更为明显，在棘层中上部可见到典型的凹空细胞，该细胞体积较大，核大深染，核周有透亮晕，颗粒层减少、细胞核大、深染，有核分裂，但无不典型分裂象。
治疗及预后方面
寻常疣：可采用冷冻、激光、电灼等物理治疗方法，一般预后较好，少数可自行消退。儿童患者由于皮肤修复能力相对较强，物理治疗后恢复可能较快，但要注意治疗后的局部护理，避免感染。
尖锐湿疣：治疗相对复杂，可采用物理治疗、外用药物（如鬼臼毒素等，但需谨慎使用，儿童一般不首选）、免疫调节治疗等。由于其与性传播相关，在治疗时需注意性伴侣的同时检查和治疗，且容易复发，对患者的心理和生活可能会产生较大影响，尤其是青少年患者，要注意心理疏导和隐私保护。
