尖锐湿疣主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，低危型HPV如HPV6型、11型等与之密切相关，HPV通过皮肤黏膜微小破损进入上皮细胞增殖致病变；性行为方面性活跃、无保护性行为易感染；免疫功能低下者包括先天性免疫缺陷和后天免疫功能受损人群易感染；局部环境中潮湿、炎症刺激及皮肤黏膜破损会增加感染风险。
人乳头瘤病毒（HPV）感染是主要病因
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的以皮肤黏膜疣状增生性病变为主的性传播疾病。HPV有多种亚型，其中低危型HPV，如HPV6型、11型等，与尖锐湿疣的发生密切相关。HPV主要通过皮肤黏膜的微小破损进入上皮细胞内，尤其是基底细胞，并在细胞内复制、增殖，导致上皮细胞异常分化和增生，从而引起病变。
性行为因素
性活跃人群易感染：处于性活跃期的人群，包括年轻人等，由于性行为较为频繁，增加了HPV接触和感染的机会。例如，有多个性伴侣的人感染HPV进而患上尖锐湿疣的风险明显高于单一性伴侣者。因为多个性伴侣意味着接触不同HPV感染个体的概率增大。
无保护性行为风险高：不使用安全套等保护措施的性行为，会使生殖器直接接触含有HPV的分泌物，从而大大增加了感染HPV引发尖锐湿疣的可能性。安全套可以在一定程度上减少生殖器与HPV感染源的直接接触，起到防护作用。
免疫功能低下因素
先天性免疫缺陷患者：如先天性胸腺发育不全等患者，自身免疫系统存在先天性缺陷，对HPV的抵御能力较弱，更容易感染HPV并发展为尖锐湿疣。由于其免疫系统从根本上存在问题，无法有效识别和清除入侵的HPV病毒。
后天免疫功能受损人群：长期使用免疫抑制剂的患者，例如器官移植后为防止排异反应而服用免疫抑制剂的人群，以及患有艾滋病等导致免疫功能严重低下的患者，其机体的免疫监视功能下降，对HPV的清除能力减弱，使得HPV易于在体内持续感染并引发尖锐湿疣。艾滋病患者由于CD4+T淋巴细胞数量显著减少，免疫系统几乎崩溃，感染HPV后发生尖锐湿疣的几率大幅升高，且病情往往较为严重，难以控制。
局部环境因素
局部潮湿、炎症刺激：生殖器部位如果长期处于潮湿环境，比如多汗、卫生状况不佳等情况，会为HPV的生长繁殖提供有利条件。同时，局部发生炎症时，皮肤黏膜的屏障功能受损，更易受到HPV的侵袭。例如，患有外阴炎、阴道炎等妇科炎症的女性，其阴道及宫颈部位的黏膜处于炎症状态，抵御HPV感染的能力下降，增加了尖锐湿疣的发病风险；男性包皮过长、局部卫生不良时，也容易出现局部潮湿和炎症，容易感染HPV引发尖锐湿疣。
皮肤黏膜破损：生殖器部位的皮肤黏膜如有破损，无论是性生活过程中的机械性损伤，还是其他原因导致的破损，都为HPV的入侵打开了门户。例如，性生活过于激烈导致的黏膜微小破损，就可能使HPV更容易感染上皮细胞，从而引发尖锐湿疣。
