尖锐湿疣复发的原因包括病毒清除不彻底，部分患者皮肤黏膜下潜伏的HPV病毒未完全清除，机体免疫力下降时会重新增殖致复发；存在再感染因素，治愈后再次与HPV感染者性接触或接触被污染物品可能再感染；机体免疫功能低下，儿童、老年人免疫功能弱易复发，女性妊娠时免疫抑制复发风险增加，不良生活方式及合并其他疾病也会影响免疫致复发；局部环境因素，局部潮湿、炎症等环境利于HPV存活繁殖增加复发可能，如阴道炎、包皮过长等情况。
病毒清除不彻底
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，尤其是高危型HPV，如HPV16、18型等。部分患者感染后，皮肤黏膜下可能存在潜伏的HPV病毒，仅去除了可见的疣体，但深层组织中的病毒未能完全清除，当机体免疫力下降时，这些残留病毒就会重新增殖，导致复发。例如，有研究表明，约30%的患者在疣体去除后3个月内会出现复发，主要原因就是病毒清除不彻底。
再感染因素
患者治愈后如果再次与HPV感染者发生性接触，或者接触了被HPV污染的物品，就可能再次感染HPV而导致尖锐湿疣复发。比如，多个性伴侣的人群，再感染的风险明显增高。另外，自身其他部位的皮肤黏膜如果接触到HPV病毒，也可能引发新的疣体生长。
机体免疫功能低下
年龄因素：儿童和老年人相对来说免疫功能较弱，儿童免疫系统尚未完全发育成熟，老年人随着年龄增长，免疫功能逐渐衰退，这两类人群感染HPV后更容易复发。例如，一项针对儿童尖锐湿疣患者的研究发现，儿童患者在经过治疗后复发率高于青壮年患者，主要与儿童免疫功能不完善有关。
性别因素：一般来说，免疫功能在不同性别上有一定差异，但就尖锐湿疣复发而言，没有绝对的性别倾向，但从整体人群看，免疫功能的个体差异是关键。不过，女性在妊娠等特殊生理状态下，免疫功能会发生变化，妊娠期间机体免疫处于相对抑制状态，这时候感染HPV后尖锐湿疣复发风险可能增加。
生活方式因素：长期熬夜、过度劳累、吸烟、酗酒等不良生活方式会影响机体的免疫功能。比如，长期吸烟的人，烟草中的有害物质会损害免疫系统，使机体清除HPV的能力下降，从而增加尖锐湿疣复发的几率。
合并其他疾病：患有艾滋病、糖尿病等基础疾病的患者，机体免疫功能受到严重影响，更容易出现尖锐湿疣复发。例如，艾滋病患者由于免疫系统被HIV严重破坏，对HPV的清除能力极弱，尖锐湿疣复发率远高于健康人群。同时，糖尿病患者血糖控制不佳时，也会影响免疫功能，导致尖锐湿疣容易复发。
局部环境因素
局部皮肤黏膜的潮湿、炎症等环境因素也会促进尖锐湿疣复发。比如，患有阴道炎、包皮过长等情况时，局部环境温暖潮湿，有利于HPV病毒的存活和繁殖，进而增加复发的可能性。女性阴道炎患者阴道内环境改变，利于HPV感染的持续存在，男性包皮过长者局部容易藏污纳垢，易引发炎症，都为HPV的复发创造了条件。
