尖锐湿疣复发的原因包括病毒清除不彻底，如仅去疣体未清潜藏病毒致约30%-50%患者3-6个月内复发；再感染因素，治愈后与HPV感染者无保护性行为易再感染，多性伴侣等增风险；局部环境因素，潮湿温暖环境利于病毒生长繁殖，如包皮过长男性、特殊时期女性易复发；机体免疫功能低下，患免疫缺陷病、用免疫抑制剂等致免疫差难清病毒，儿童、老人、孕期女性易受影响。
病毒清除不彻底
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，若治疗时仅去除了可见的疣体，而体内潜藏的HPV病毒未被完全清除，就极易导致复发。例如，有研究表明，约有30%-50%的患者在初次治疗后3-6个月内会出现复发情况，其中很大一部分原因是病毒残留。不同性别、年龄人群都可能存在这种情况，年龄较小的患者免疫系统相对较弱，清除病毒的能力可能更差，复发风险相对较高；女性在经期等特殊生理时期，身体免疫力会有波动，也可能增加复发几率。
再感染因素
患者治愈后，如果再次与HPV感染者发生无保护的性行为，就很容易再次感染HPV而复发。比如，有多个性伴侣的人群，其再感染的风险明显高于单一性伴侣者。不同性别在性行为中的风险可能有所不同，男性若不注意防护，接触到感染源后更易将病毒传播给性伴侣，同时自身也有再次感染的可能；女性在性活动中相对更易受到感染，且一些不良生活方式如频繁更换性伴侣等会显著增加再感染风险。
局部环境因素
局部环境潮湿、温暖等有利于HPV病毒的生长繁殖，也会增加复发几率。例如，有包皮过长的男性，包皮内环境相对潮湿，容易为HPV病毒提供生存和繁殖的条件，从而导致尖锐湿疣复发。不同年龄人群局部环境特点不同，儿童的局部皮肤黏膜相对娇嫩，若存在局部卫生不良等情况，也可能影响局部环境，增加复发可能；女性的外阴、阴道等部位，在经期、孕期等特殊时期局部环境改变，也容易促使病毒复发。
机体免疫功能低下
患有免疫缺陷性疾病（如艾滋病）、长期使用免疫抑制剂等情况会使机体免疫功能低下，无法有效清除HPV病毒，进而导致尖锐湿疣复发。不同年龄的免疫功能状态不同，儿童免疫功能尚未完全发育成熟，相对更容易出现免疫功能低下的情况；老年人免疫功能逐渐衰退，也更易受此影响。女性在孕期由于体内激素水平变化等原因，免疫功能可能会出现波动，若本身有HPV感染，复发风险也会增加。
