尖锐湿疣复发的原因主要有病毒清除不彻底、再次感染、宿主免疫功能低下以及局部环境因素影响。病毒清除不彻底是因仅去疣体未清潜伏病毒，不同人群病毒清除能力有差异；再次感染可因与HPV感染者性行为或接触污染物品，多个性伴侣等人群风险高；宿主免疫功能低下时如患免疫缺陷病、用免疫抑制剂等易复发，不同年龄免疫状态不同；局部潮湿、炎症等环境因素利于HPV生长繁殖致复发，不同性别及疾病患者复发情况有别。
一、病毒清除不彻底
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，若治疗时仅去除了可见的疣体，而潜伏在皮肤黏膜中的HPV未被完全清除，就容易导致复发。例如，部分患者感染的HPV亚型较为复杂，病毒分布范围广，单纯的局部治疗难以将所有病毒杀灭。不同年龄阶段的人群感染HPV后的病毒清除能力有所差异，一般来说，年轻人免疫系统相对较强，病毒清除能力可能相对较好，但如果病毒载量高，也可能出现清除不彻底的情况；而老年人免疫系统功能衰退，病毒清除能力下降，更易出现复发。女性由于生理结构的特殊性，阴道、宫颈等部位容易藏匿HPV，增加了复发风险。
二、再次感染
患者治愈后如果再次与HPV感染者发生性行为，或者接触了被HPV污染的物品，就可能再次感染HPV而复发。比如，多个性伴侣的人群，感染HPV的概率大大增加，复发风险也相应提高。不同生活方式的人群再次感染风险不同，性生活活跃且不注意防护的人群再次感染几率较高。另外，患有其他性传播疾病的患者，其生殖道黏膜屏障受损，更容易感染HPV，从而导致尖锐湿疣复发。
三、宿主免疫功能低下
当宿主免疫功能低下时，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病，或长期使用免疫抑制剂（如器官移植后患者需长期使用免疫抑制剂），机体对HPV的清除能力减弱，容易导致尖锐湿疣复发。不同年龄的免疫功能状态不同，儿童免疫功能尚未完全发育成熟，相对成人免疫功能低下，若感染HPV患尖锐湿疣后，复发风险可能较高；老年人免疫功能衰退，同样面临免疫功能低下导致复发的问题。女性在孕期等特殊生理时期，免疫功能会发生变化，也可能增加尖锐湿疣复发的几率。
四、局部环境因素影响
局部潮湿、炎症等环境因素有利于HPV的生长繁殖，从而增加复发风险。比如，患有糖尿病的患者，局部皮肤黏膜含糖量高，适宜HPV生长，尖锐湿疣容易复发。不同性别在局部环境因素影响下的复发情况有所不同，男性外生殖器部位相对干燥，女性阴道等部位容易潮湿，女性尖锐湿疣复发受局部潮湿环境影响可能更为明显。患有慢性妇科炎症的女性，阴道内环境改变，更易导致尖锐湿疣复发。
