尖锐湿疣复发与多种因素相关，包括HPV病毒嗜上皮细胞且易潜伏导致难完全清除、治疗时疣体清除不全面及未处理亚临床感染、机体免疫功能低下或波动、治愈后再次感染等。低危型HPV如6型、11型易致尖锐湿疣，可见疣体遗漏、亚临床感染未处理会致复发，免疫力低下人群及免疫波动人群易复发，治愈后不注意卫生或不安全性行为等会再次感染致复发
病毒特性相关因素
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，HPV有多种亚型，其中低危型HPV如6型、11型等易导致尖锐湿疣。HPV病毒具有嗜上皮细胞的特性，它主要潜伏在皮肤黏膜的基底细胞层甚至更深部位，当局部皮肤黏膜有微小破损时，病毒容易侵入并感染上皮细胞，这种潜伏特性使得很难完全清除体内所有的病毒，为复发埋下隐患。例如，研究发现部分患者在可见疣体去除后，仍有潜伏的HPV病毒存在于皮肤黏膜组织中，当机体免疫力下降等情况时，病毒就可能再次增殖导致复发。
治疗不彻底因素
疣体清除不全面：在尖锐湿疣的治疗中，如果医生操作不当或者患者自身的原因，可能导致可见疣体没有被完全清除。比如一些较小的、隐藏在皮肤褶皱、尿道等部位的疣体可能被遗漏，这些残留的疣体含有大量病毒，后续会继续生长繁殖，从而引起复发。
亚临床感染未处理：除了可见的疣体，还有相当一部分患者存在亚临床感染，即皮肤黏膜外观正常，但已经感染了HPV病毒的情况。如果治疗时只针对可见疣体，而没有对亚临床感染部位进行处理，这些部位的病毒会在合适的条件下活跃起来，导致复发。
机体免疫功能因素
免疫力低下人群：对于免疫力较弱的人群，如患有免疫缺陷疾病（如艾滋病）的患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，机体清除HPV病毒的能力下降。正常情况下，人体免疫系统可以识别并清除部分感染的病毒，但这类人群免疫系统功能受到抑制，不能有效地将体内的HPV病毒清除干净，就容易出现尖锐湿疣的复发。例如，艾滋病患者由于CD4+T淋巴细胞计数明显降低，免疫系统严重受损，尖锐湿疣的复发率远远高于正常人群。
其他人群免疫波动：即使是免疫力正常的人群，在一些特定情况下，如长期熬夜、过度劳累、精神压力过大等，也会导致机体免疫功能短暂下降。此时，原本处于潜伏状态的HPV病毒可能会趁机大量复制，引发尖锐湿疣复发。比如一些长期从事高强度工作、作息不规律的人群，就容易出现尖锐湿疣复发的情况。
再次感染因素
患者在治愈后，如果不注意个人卫生，或者有不安全的性行为，就容易再次感染HPV病毒。例如，与感染HPV的性伴侣发生无保护措施的性行为，就可能再次被病毒感染，从而导致尖锐湿疣复发。而且，HPV病毒可以通过间接接触传播，如接触被病毒污染的毛巾、浴巾、马桶等物品，也有可能再次感染病毒引发疾病复发。
