尖锐湿疣由HPV低危型感染引起，梅毒血清学检查阴性，组织病理见表皮乳头瘤样增生等及凹空细胞；扁平湿疣是二期梅毒表现，病原体为梅毒螺旋体，梅毒血清学检查阳性，组织病理有表皮增厚等及可找见梅毒螺旋体，二者病原体、皮疹特点、血清学及组织病理检查均有不同。
病原体方面
尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，HPV有多种亚型，其中与尖锐湿疣关系密切的主要是HPV6、11等低危型。不同年龄、性别、生活方式及病史的人群都可能感染，比如有不洁性行为史的人群感染风险相对较高。
扁平湿疣：是二期梅毒的表现之一，病原体为梅毒螺旋体，有不洁性行为等高危接触史的人群易感染，不同年龄、性别均可发病，有梅毒感染相关病史或接触史者是易感人群。
皮疹特点方面
尖锐湿疣：损害初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，颜色可为红色、污灰色或正常皮色，大小不等，可融合成较大的团块，好发于外生殖器及肛门周围等部位，不同年龄、性别患者的好发部位可能因生活方式等略有差异，比如有多个性伴侣者更易在相关部位出现皮疹。
扁平湿疣：为扁平的丘疹或斑块，表面糜烂湿润，也可呈颗粒状或菜花状，质地柔软，数目较多，常成群分布，好发于肛周、外生殖器等部位，与尖锐湿疣好发部位有一定重合，但皮疹形态有区别。
梅毒血清学检查方面
尖锐湿疣：梅毒血清学检查呈阴性。
扁平湿疣：梅毒血清学检查呈阳性，如梅毒螺旋体颗粒凝集试验（TPPA）、梅毒螺旋体明胶颗粒凝集试验（TPHA）等可检测到特异性抗体，快速血浆反应素环状卡片试验（RPR）等非特异性抗体检测也呈阳性。不同年龄、性别患者的检查结果解读需结合临床整体情况，比如妊娠期女性感染梅毒时，血清学检查结果的判断要考虑特殊生理状态对结果的影响。
组织病理检查方面
尖锐湿疣：表皮乳头瘤样增生，棘层肥厚，表面角化不全，可见凹空细胞，凹空细胞体积较大，胞质空泡状，核浓缩深染，核周有透亮晕，这些病理改变有一定特征性。不同年龄、性别患者的组织病理表现基本符合这一特点，但需结合具体个体情况分析。
扁平湿疣：表皮明显增厚，表皮内有明显的细胞内外水肿，真皮内有以浆细胞为主的致密炎性细胞浸润，可找到梅毒螺旋体，这与尖锐湿疣的组织病理表现有明显区别。特殊人群如免疫功能低下者，组织病理表现可能不典型，需更细致观察和综合判断。
