尖锐湿疣由低危型HPV如HPV6、11型等感染经性接触传播，好发于生殖器等部位，治疗有多种方法且易复发；扁平疣由HPV3型等感染经直接接触或自身接种传播，好发于面手等部位，多数可自愈或经治疗好转，两者在病原体、临床表现、治疗、预后方面均有不同。
病原体方面
尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）中的低危型，如HPV6、11型等感染引起，主要通过性接触传播。
扁平疣：也是由HPV感染所致，常见的是HPV3型感染，多通过直接接触传染，比如与患者共用毛巾等个人物品，也可通过搔抓自身接种而扩散。
临床表现方面
尖锐湿疣：好发于生殖器、肛门周围等部位，初起为细小淡红色丘疹，逐渐增大增多，表面凹凸不平，呈乳头样、菜花样或鸡冠样突起，颜色可为污灰色或粉红色，一般无明显自觉症状，部分患者可有异物感、灼痛、瘙痒等。在孕期女性中，由于激素水平变化等因素，疣体可能生长较快。儿童患尖锐湿疣多与间接接触污染的物品有关，如接触了被HPV污染的马桶圈等，表现与成人相似，但需警惕性虐待的可能。
扁平疣：主要发生在面部、手背、前臂等部位，典型皮损为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质硬，正常肤色或淡褐色，多骤然出现，数目较多且密集。一般无自觉症状，偶有瘙痒感，搔抓后可沿抓痕呈串珠状排列，即自体接种现象。
治疗方面
尖锐湿疣：治疗方法包括药物治疗（如鬼臼毒素酊等，但孕妇禁用）、物理治疗（如激光、冷冻、电灼等）、手术治疗等。治疗后需定期复查，因为存在复发的可能。对于儿童患者，物理治疗需谨慎操作，避免造成过度损伤。
扁平疣：治疗可采用外用药物（如维A酸乳膏等）、物理治疗（如冷冻、激光等）。由于扁平疣有自行消退的可能，对于一些病情较轻、皮疹较少的患者，可先观察，部分患者不经治疗也可自行好转。儿童患者治疗时同样要考虑对皮肤的影响，选择合适的治疗方式。
预后方面
尖锐湿疣：若治疗不彻底容易复发，部分患者可能会持续存在疣体，少数高危型HPV感染可能有恶变倾向。在孕期患者中，疣体增长可能影响分娩方式的选择。儿童患者预后一般与成人相似，但要注意避免再次接触传染源。
扁平疣：多数预后良好，经过治疗或自行消退后一般不留瘢痕，但可能会有短暂的色素沉着。儿童患者随着免疫系统的发育，部分扁平疣有自愈的可能。
