肛内尖锐湿疣的诊断需进行病史采集，询问性接触史等；观察临床表现，如肛门内不适及赘生物等；行醋酸白试验，阳性提示可能感染HPV但非特异；做病理组织学检查，是确诊金标准，可见特征性改变，对免疫功能低下者重要
病史采集
详细询问患者的性接触史，包括有无不洁性行为、性伴侣数量及健康状况等，因为肛内尖锐湿疣主要通过性传播，有不洁性行为史者患病风险较高。不同年龄段人群感染风险不同，年轻人性活跃期相对更易感染。
临床表现观察
患者可能会感觉肛门内有异物感、瘙痒、灼痛等不适，部分患者可在肛门内见到乳头状、菜花状、鸡冠状的赘生物，颜色可为淡红色、灰白色或污灰色等，赘生物表面不光滑，质地柔软。不同性别患者表现可能无显著性别差异，但女性患者需注意是否合并其他部位的尖锐湿疣。
醋酸白试验
将3%-5%的醋酸溶液涂抹在疑似病变的肛内组织上，等待几分钟后观察。如果局部变白，则为醋酸白试验阳性，提示可能存在人乳头瘤病毒（HPV）感染，但该试验并非特异性诊断方法，一些炎症等情况也可能出现假阳性。
病理组织学检查
取病变组织进行病理检查，这是确诊肛内尖锐湿疣的金标准。通过显微镜观察组织学形态，可见表皮呈乳头瘤样增生，棘层增厚，可见凹空细胞等特征性改变。病理检查能明确病变的性质，区分其他类似病变，如肛门鳞状上皮内瘤变等。对于有免疫功能低下等病史的患者，病理检查更具重要性，因为免疫功能低下者病变可能不典型，需要病理检查来明确诊断。
