尖锐湿疣会带来多方面危害，包括溃疡与出血，尿道内疣体增大可致狭窄、排尿困难，女性阴道等部位疣体可致溃疡等；少数患者可能恶变，高危型HPV持续感染是重要因素；病情严重且免疫力低下时可播散性感染，如播散至呼吸道、消化道等，艾滋病患者合并时更易播散；影响生育，女性宫颈部位疣体可影响受孕或致新生儿感染，男性严重病情也可能影响生育，准备生育者需治愈后再怀孕。
一、溃疡与出血
尖锐湿疣若发生在尿道内，疣体增大可能会引起尿道狭窄，导致排尿困难。若疣体表面发生糜烂等情况，还可能出现出血现象。在女性中，尖锐湿疣若生长在阴道等部位，长期的摩擦等可能导致局部溃疡，影响生活质量，并且增加感染其他病原体的风险。对于有尿道内尖锐湿疣的患者，尤其是男性青少年，由于尿道较细，疣体增生可能更快地引起尿道梗阻等严重并发症。
二、恶变
少数尖锐湿疣患者可能发生恶变，尤其是长期不愈、疣体巨大的患者。有研究表明，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，其中高危型HPV持续感染是导致恶变的重要因素。例如HPV-16、HPV-18等高危型别感染，在尖锐湿疣基础上发生恶变的概率虽然较低，但确实存在这样的风险。对于有多年不愈尖锐湿疣病史的成年患者，需要密切监测是否有恶变倾向，如疣体迅速增大、表面出现破溃、出血、恶臭等异常表现时，要高度警惕恶变可能。
三、播散性感染
当尖锐湿疣病情严重且患者免疫力低下时，病毒可能播散到身体其他部位。比如播散到呼吸道可引起呼吸道尖锐湿疣，导致呼吸困难等严重症状；播散到消化道可引起消化道的病变，影响消化功能。对于免疫力低下的特殊人群，如艾滋病患者合并尖锐湿疣时，更容易发生播散性感染，因为其自身的免疫防御功能受损，无法有效控制病毒的扩散。所以艾滋病患者合并尖锐湿疣时，需要更加积极地治疗原发病和尖锐湿疣，防止病毒播散。
四、影响生育
女性尖锐湿疣如果生长在宫颈等部位，可能会影响受孕，或者在分娩时造成新生儿的感染。例如，孕妇患有尖锐湿疣，在经阴道分娩时，新生儿可能会通过产道感染HPV，引起喉部乳头瘤病等。对于准备生育的女性患者，需要在尖锐湿疣治愈后再考虑怀孕，以降低对自身和胎儿的不良影响。男性尖锐湿疣如果病情严重，可能会影响精子的质量和输送通道，但相对女性来说影响生育的机制相对复杂一些，但也不能忽视，如有相关情况也需要及时就医评估对生育的影响。
