舌下腺囊肿通常建议手术治疗，体积较大时手术是必要措施，因舌下腺是囊肿起源，不切除易复发；特殊人群如非常小且身体状况无法耐受手术的婴幼儿可暂时观察但需密切关注，不同年龄人群手术有差异，有不良生活方式及基础病史患者需调整或控制后再考虑手术。
必须手术的情况：舌下腺囊肿体积较大时，会占据口腔空间，影响咀嚼、说话等功能，且囊肿不断增大可能导致周围组织受压出现不良后果，这种情况下手术是必要的措施。从临床研究来看，手术完整切除舌下腺是根治舌下腺囊肿的关键，因为舌下腺是囊肿的起源部位，不切除舌下腺容易复发。例如有大量临床病例显示，单纯摘除囊肿而未切除舌下腺的患者，复发率较高，而通过手术切除舌下腺后，复发情况明显减少。
非绝对手术的情况：对于一些非常小且位置特殊、患者身体状况无法耐受手术的婴幼儿等特殊人群，可考虑暂时观察，但这种情况非常少。不过观察过程中需密切关注囊肿变化，一旦出现囊肿增大、影响呼吸等紧急情况仍需及时手术。比如对于一些月龄较小、基础疾病较多的婴儿舌下腺囊肿，在评估手术风险较高时可短期观察，但要频繁复诊，观察囊肿有无感染、增大等情况。
不同年龄人群处理有差异，儿童患者由于其口腔组织处于发育阶段，手术需更加谨慎，要充分评估手术对口腔发育的影响；成年患者相对来说手术耐受性较好，但也需根据自身全身状况评估能否耐受手术。生活方式方面，有吸烟、饮酒等不良生活方式的患者，手术前后需调整生活方式，因为吸烟饮酒可能影响伤口愈合，增加术后感染等风险。有基础病史的患者，如患有糖尿病等基础疾病，需在控制好基础病的情况下再考虑手术，因为基础病控制不佳会影响手术预后及伤口愈合等。
