牙源性囊肿包括始基囊肿（发生于成釉器发育早期，10-29岁人群，男稍多，与牙齿发育异常有关）、含牙囊肿（发生于牙冠或牙根形成后，10-39岁人群，男多于女，与牙齿发育异常如萌出受阻有关）、根尖周囊肿（由根尖周肉芽肿慢性炎症刺激致上皮残余增生变性液化形成，任何年龄均可发生，有牙齿根尖周病变病史）；非牙源性囊肿包括鳃裂囊肿（由胚胎残留上皮发展而成，20-50岁人群，性别差异不显著，与鳃裂组织残留有关）、甲状舌管囊肿（由甲状腺舌导管残余上皮发生，1-10岁儿童及成年人可见，与甲状腺发育中甲状舌管退化不全有关）。
含牙囊肿：又称滤泡囊肿，发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠之间出现液体渗出而形成囊肿，可含有正在发育的牙齿牙冠。多见于10-39岁人群，男性多于女性，常与牙齿的发育异常相关，比如牙齿萌出受阻等情况。
根尖周囊肿：是由于根尖周肉芽肿，慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生，增生的上皮团块中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿。任何年龄均可发生，有牙齿根尖周病变的病史，比如长期的龋齿未得到治疗，导致根尖周组织反复发炎，进而引发根尖周囊肿。
非牙源性囊肿
鳃裂囊肿：由胚胎发育时期遗留于深部组织内的上皮成分发展而成，第一鳃裂来源的囊肿位于下颌角以上及腮腺区，第二鳃裂来源的囊肿常位于颈上部，多在舌骨水平，胸锁乳突肌上1/3前缘附近。多见于20-50岁人群，性别差异不显著，与胚胎发育过程中鳃裂组织的残留有关。
甲状舌管囊肿：是由甲状腺舌导管残余上皮发生的囊肿，可发生于颈正中线，自舌盲孔至胸骨切迹间的任何部位，但以舌骨上下部最为常见。多见于1-10岁的儿童，也可见于成年人，与甲状腺发育过程中甲状舌管退化不全有关。
