下颌骨囊肿有局部和全身症状，局部有颌骨膨隆、面部不对称、牙齿异常、疼痛，全身多数无异常，继发感染有发热等，不同年龄及有既往病史者症状有差异。
颌骨膨隆：早期囊肿较小时，可能无明显颌骨膨隆表现。随着囊肿逐渐增大，可导致颌骨膨隆，外观上可见患侧下颌骨部位肿胀，不同类型的囊肿膨隆程度可能有所差异。例如牙源性角化囊性瘤，有时膨隆较为明显。一般可通过触诊感知颌骨的异常膨出，表面通常比较光滑，但也可能因囊肿的生长方式而呈现不规则的表面状态。
面部不对称：当囊肿较大时，会使面部左右两侧不对称。比如下颌骨一侧存在较大囊肿，患侧面部会比健侧突出，这种不对称可能在外观上较为明显，尤其对于儿童和青少年处于生长发育阶段时，可能会对颌面的正常发育产生影响，导致面部发育畸形。
牙齿异常：囊肿若累及牙齿，可引起牙齿移位、松动、倾斜等。例如，邻牙可能因囊肿的压迫而出现位置改变，牙齿松动度可能增加，严重时牙齿会明显松动甚至无法保留。有些患者还可能出现牙髓活力改变，这是因为囊肿的压迫可能影响牙齿的血液供应等，进而导致牙髓功能异常。
疼痛：一般情况下，较小的囊肿可能无疼痛症状。但当囊肿继发感染时，会出现局部疼痛，疼痛程度可轻可重，可为持续性胀痛或跳痛。儿童由于表述能力有限，可能会表现出哭闹、不愿用患侧咀嚼等情况。另外，当囊肿压迫周围神经组织时，也可能引起放射性疼痛。
全身症状
一般情况：多数下颌骨囊肿患者全身状况无明显异常。但如果囊肿继发感染并引起全身感染中毒症状时，可能出现发热、寒战、乏力等表现。发热程度可因感染的严重程度而异，轻度感染可能仅有低热，体温在37.5-38℃左右，严重感染时体温可高达39℃以上。儿童的体温调节中枢尚未发育完善，感染时体温波动可能更为明显，而且儿童可能还会伴有精神萎靡、食欲减退等全身不适症状。
不同年龄阶段的患者，下颌骨囊肿的症状可能有所不同。儿童时期发病的下颌骨囊肿，由于颌骨仍在生长发育，囊肿对颌骨发育的影响更为显著，面部不对称等外观改变可能更易被察觉，且儿童对疼痛的耐受和表述与成人不同，需要更细致地观察其行为表现来发现症状。而成人患者可能更关注囊肿导致的牙齿问题、局部肿胀等影响日常生活的症状。此外，有既往口腔疾病史的患者，下颌骨囊肿的发生可能与原有的口腔病变有一定关联，其症状的出现和发展可能受到既往病史的影响。
