口腔有多种细菌，链球菌属、乳杆菌属、放线菌属等与龋齿、牙周炎等口腔健康问题相关，检测方法有培养法和分子生物学方法，培养法能鉴定细菌种类但有不足，分子生物学方法灵敏度高等。
乳杆菌属也是口腔中的一类重要细菌，干酪乳杆菌等乳杆菌与龋齿的进展有关，在龋病病变部位常可分离到乳杆菌，它能发酵碳水化合物产酸，进一步破坏牙齿组织。
放线菌属中的内氏放线菌和粘性放线菌与根面龋的发生关系密切，它们可以粘附于根面的牙骨质，产生一些酶类破坏牙周组织等。
口腔细菌与口腔健康的关系
与龋齿的关系
如前所述，变异链球菌等产酸细菌通过分解糖类产酸，使口腔局部pH降低，当pH降至临界值以下时，就会导致牙釉质中的钙、磷等矿物质溶解，逐渐形成龋齿。儿童由于口腔卫生习惯相对较差，饮食中又常摄入较多糖类，更容易受到变异链球菌等的影响而患龋齿；老年人由于牙龈萎缩等原因，根面暴露，内氏放线菌、粘性放线菌等易定植于根面，增加根面龋的发生风险。
与牙周炎的关系
牙龈卟啉单胞菌是牙周炎的主要致病菌之一，它可以产生多种毒性因子，如牙龈素等，破坏牙周组织中的胶原纤维，抑制中性粒细胞的功能，还能诱导宿主产生炎症反应，导致牙周袋形成、牙槽骨吸收等。吸烟的人群由于烟草中的有害物质会影响口腔的微生态环境，加重牙龈卟啉单胞菌等致病菌的定植和致病性；糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体免疫力下降，口腔内的菌群平衡容易被打破，更容易发生牙周炎，且病情往往较难控制。
口腔细菌的检测方法
培养法
通过采集口腔样本，如牙菌斑、唾液等，接种到特定的培养基上，在适宜的温度和环境下培养一定时间，根据细菌的菌落形态、生化反应等特征来鉴定细菌种类。这种方法的优点是可以明确具体的细菌种类，但存在检测时间较长、部分厌氧菌培养难度较大等缺点。对于儿童来说，采集样本时可能需要家长协助配合，确保样本采集的有效性；对于老年人，如果存在牙齿松动等情况，采集牙菌斑样本可能会有一定困难。
分子生物学方法
如聚合酶链式反应（PCR）技术，可以针对特定细菌的核酸序列进行扩增检测，具有灵敏度高、特异性强、检测速度快等优点。通过设计特异性的引物，能够快速准确地检测出口腔中是否存在某些特定的细菌，比如可以检测牙龈卟啉单胞菌等牙周致病菌。在临床应用中，这种方法对于早期诊断一些细菌相关性口腔疾病有重要意义，而且不受细菌是否为可培养菌的限制。
