早上起床口臭可能由多种因素引起，包括口腔局部因素如清洁不彻底、口腔疾病；全身系统性疾病如消化系统疾病、呼吸道疾病；以及其他因素如饮食因素、药物因素、生活习惯等。
口腔疾病：如龋齿（蛀牙），龋洞内易残留食物碎屑，细菌大量繁殖，产生酸性物质腐蚀牙齿的同时，也会产生异味；牙龈炎患者牙龈部位有炎症，局部充血肿胀，细菌滋生，会释放出有臭味的代谢产物；牙周炎患者牙周袋内有大量菌斑、牙石和炎性分泌物，细菌分解产生臭味。不同年龄段人群都可能受这些口腔疾病影响，比如老年人由于口腔卫生维护相对较差等原因，更容易患牙周炎等疾病而出现口臭。
全身系统性疾病
消化系统疾病：例如反流性食管炎，胃酸反流至食管，可同时反流至口腔，胃酸的气味会导致口臭。一些患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，消化功能受到影响，食物在胃肠道内消化吸收不良，也可能通过胃肠道与口腔的连通关系引发口臭。对于不同年龄人群，消化系统疾病的发生原因有所不同，年轻人可能与不良的饮食习惯，如暴饮暴食、经常吃辛辣刺激性食物等有关；老年人则可能与胃肠蠕动功能减弱等因素相关。
呼吸道疾病：像鼻窦炎，鼻窦内的分泌物若引流不畅，细菌滋生繁殖，产生的脓性分泌物会通过后鼻孔流至口腔，引起口臭。支气管炎、肺炎等呼吸道疾病患者，呼吸道内的一些分泌物及细菌代谢产物也可能导致口腔异味。儿童若患有腺样体肥大等呼吸道相关疾病，也可能因分泌物倒流等情况出现早上起床口臭的现象，因为儿童的腺样体等结构相对更容易出现问题。
其他因素
饮食因素：前一天食用了大量有特殊气味的食物，如洋葱、大蒜等，这些食物中的某些成分会在体内代谢后通过呼吸排出，导致早上起床口臭。不同饮食偏好的人群受此影响不同，比如喜欢吃重口味、刺激性食物的人相对更容易出现这种情况。
药物因素：某些药物服用后可能会有口腔异味的副作用，如一些降压药、降糖药等。长期服用这些药物的人群需要留意是否存在因药物导致的口臭问题，不同个体对药物副作用的反应可能不同，所以在用药过程中若发现口臭问题，可咨询医生是否与药物有关。
生活习惯：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔和呼吸道，导致口臭。熬夜会影响身体的正常代谢和口腔的自洁功能，也可能引发口臭。不同生活习惯的人群，如吸烟者、长期熬夜者更容易出现因生活习惯导致的早上起床口臭。老年人若有长期吸烟、熬夜等不良生活习惯，出现口臭的几率可能会增加；儿童一般较少有吸烟等习惯，但熬夜等情况若存在也可能影响其口腔健康导致口臭。
