早上起来口臭的原因包括口腔局部因素（清洁不彻底、龋齿、牙周炎、口腔黏膜疾病）、全身性疾病因素（消化系统疾病如胃食管反流病、消化不良，呼吸系统疾病如鼻窦炎、扁桃体炎，糖尿病）以及其他因素（饮食因素、长期吸烟、药物因素）。
龋齿：牙齿上的龋洞容易残留食物碎屑，细菌在龋洞内大量繁殖，发酵分解食物残渣产生异味。不同年龄人群都可能患龋齿，儿童由于爱吃甜食且口腔清洁相对不彻底，患龋齿的概率较高；成年人如果口腔卫生维护不佳，也可能发生龋齿导致口臭。
牙周炎：牙周炎患者的牙周袋内存在大量细菌及其代谢产物，细菌产生的毒素等会引起牙龈炎症、出血等，同时细菌分解食物残渣产生异味。老年人由于牙龈萎缩等原因，患牙周炎的风险相对较高；年轻人如果有吸烟、口腔卫生差等情况，也可能患上牙周炎进而出现口臭。
口腔黏膜疾病：如口腔溃疡，溃疡面会有炎性渗出等，细菌容易在局部滋生，分解有机物产生异味。各个年龄段都可能发生口腔溃疡，免疫力较低的人群，如儿童、老年人或患有某些慢性疾病的人群，更容易频繁出现口腔溃疡并伴有口臭。
全身性疾病因素
消化系统疾病
胃食管反流病：胃酸反流至口腔，会带来酸臭味。成年人中，肥胖、不良饮食习惯（如暴饮暴食、睡前吃东西等）的人群患胃食管反流病的风险较高；老年人胃肠功能减退，也可能出现胃食管反流相关问题导致口臭。
消化不良：食物在胃肠道内消化吸收不良，食物在胃肠道内停留时间过长，会发酵产生异味，并可能向上反流至口腔引起口臭。各年龄段都可能发生消化不良，儿童可能因饮食不规律、进食过多等导致，成年人则可能因工作压力大、饮食不节等引发。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等，呼吸道的分泌物可能倒流至口腔，其中的细菌等会产生异味。鼻窦炎在各个年龄段都可能发生，儿童可能因鼻腔结构特点等易患鼻窦炎；成年人若有上呼吸道感染等情况未及时治疗，可能引发扁桃体炎等导致口臭。
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，体内酮体生成增加，可通过呼吸排出，导致口腔出现烂苹果味的口臭。糖尿病多见于中老年人，但年轻人也有发病可能，尤其是有家族遗传因素或不良生活方式（如肥胖、缺乏运动等）的人群。
其他因素
饮食因素：食用大量洋葱、大蒜等具有特殊气味的食物后，其中的某些成分会残留在口腔中并通过呼吸散发异味，早上起来可能仍能感觉到口臭。不同年龄、不同饮食习惯的人群都可能因食用此类食物出现短暂口臭，比如喜欢吃重口味且气味大的食物的人群更容易发生。
长期吸烟：烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔和呼吸道中，吸烟人群的口腔卫生往往较差，且烟草本身的气味会导致口臭。各个年龄段的吸烟人群都可能受此影响，老年人吸烟时间较长的话，口臭问题可能更为严重。
药物因素：某些药物服用后可能会有口腔异味的副作用，如一些降压药、降糖药等。不同用药人群都可能因药物副作用出现口臭，在用药过程中如果发现口臭与药物有关，应及时与医生沟通。
