自然流产受多种因素影响，包括遗传因素（如染色体异常）、解剖因素（如子宫解剖结构异常、子宫肌瘤）、内分泌因素（如黄体功能不全、甲状腺功能异常）、感染因素（如病原体感染）、免疫因素（如自身免疫异常、同种免疫异常）、生活方式因素（如吸烟饮酒、过度劳累）及其他因素（如环境因素、高龄妊娠）。
解剖因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育环境。纵隔子宫会使宫腔内的空间受限，胚胎着床后可能因为空间不足等原因导致流产；单角子宫由于只有一侧的子宫角有宫腔，内膜面积相对较小，也不利于胚胎的良好生长发育。另外，子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会向宫腔内突出，改变宫腔内的环境，影响胚胎的种植和生长，增加自然流产的风险。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就不能为胚胎的着床和发育提供良好的内分泌环境。一般来说，孕酮水平低于正常范围会增加流产的可能性。女性的下丘脑-垂体-卵巢轴的功能失调可能导致黄体功能不全，这种情况在有内分泌疾病史或者生活压力较大、长期作息不规律的女性中较为常见。
甲状腺功能异常：甲状腺功能亢进或减退都会影响妊娠。甲状腺功能亢进时，体内的甲状腺激素水平升高，会干扰正常的妊娠生理过程；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的发育，增加自然流产的风险。有甲状腺疾病家族史或者既往有甲状腺疾病的女性在妊娠期间更需要密切监测甲状腺功能。
感染因素
病原体感染：某些病原体感染可引起自然流产。例如，弓形虫感染，孕妇感染弓形虫后，病原体可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿的正常发育，导致流产；风疹病毒感染，在妊娠早期感染风疹病毒，胎儿发生流产、死胎或先天性畸形的风险较高；支原体、衣原体感染也可能引起子宫内环境的改变，导致自然流产。女性在孕前或孕早期如果有不良的卫生习惯，或者接触了感染源，就容易发生这类感染。
免疫因素
自身免疫异常：孕妇自身的免疫系统异常可能攻击胚胎，导致流产。例如，抗磷脂抗体综合征，体内存在抗磷脂抗体，会引起血管内皮细胞损伤，影响胎盘的血液循环，使胚胎得不到充足的血液供应而发生流产。自身免疫性疾病患者在妊娠时更易出现这种情况，如系统性红斑狼疮患者，其体内的自身抗体可能对妊娠产生不良影响。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致自然流产。正常妊娠时，母体的免疫系统对胚胎处于一种耐受状态，以保证胚胎不被排斥。如果这种耐受机制出现异常，母体的免疫系统就会攻击胚胎，引发流产。这种情况在反复自然流产的女性中较为常见，需要进行免疫相关的检查和评估。
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟或过量饮酒会增加自然流产的风险。烟草中的尼古丁等有害物质会影响胎盘的血液循环，减少胎儿的血供；酒精会通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育。长期吸烟饮酒的女性，无论是孕前还是孕早期，发生自然流产的概率都比不吸烟饮酒的女性高。
过度劳累：长期过度劳累、精神压力过大等也可能影响妊娠。过度劳累会使孕妇的身体处于应激状态，体内的激素水平发生变化，不利于胚胎的稳定着床和发育；长期精神压力过大可能导致内分泌失调，进而影响妊娠。例如，一些工作强度大、经常熬夜的孕妇，自然流产的风险相对较高。
其他因素
环境因素：长期接触某些化学物质，如铅、汞等重金属，或者长期处于有辐射的环境中，都可能增加自然流产的风险。这些有害物质会影响胚胎细胞的正常分裂和发育，导致胚胎异常而发生流产。另外，一些孕妇在不知情的情况下接触了含有有害物质的环境，如新装修的含有甲醛等有害气体的房屋，也可能对妊娠产生不良影响。
高龄妊娠：随着孕妇年龄的增加，自然流产的发生率会升高。这是因为随着年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，同时子宫内环境也可能发生变化，不利于胚胎着床和发育。一般来说，35岁以上的孕妇自然流产的风险明显高于年轻孕妇。
