生化妊娠的原因包括胚胎染色体异常、子宫解剖结构异常、子宫内膜容受性差、黄体功能不全、甲状腺功能异常、环境因素等。
1.胚胎染色体异常
正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，若受精卵的染色体出现问题，如数目异常或结构畸变，会使胚胎无法正常发育，进而引发生化妊娠。
2.子宫解剖结构异常
如子宫畸形，会影响子宫的正常内环境，使得受精卵难以着床或着床后不稳定。子宫黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉等病变也会干扰受精卵的着床过程，增加生化妊娠的发生风险。
3.子宫内膜容受性差
子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的能力。若子宫内膜厚度不合适、子宫内膜分泌功能异常等，都会导致子宫内膜容受性下降，使受精卵无法成功着床，从而引发生化妊娠。
4.黄体功能不全
黄体分泌的孕激素对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就不能为受精卵着床和早期妊娠提供良好的内分泌环境，容易导致生化妊娠。
5.甲状腺功能异常
甲状腺激素对生殖系统的正常功能有重要影响。甲状腺功能减退或亢进都会干扰生殖内分泌轴，影响排卵、受精以及胚胎着床等过程。甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能影响子宫内膜的容受性和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对妊娠产生不利影响，增加生化妊娠的发生几率。
6.环境因素
长期接触某些有害物质，如化学毒物、放射性物质等，可能会对生殖细胞和胚胎发育产生不良影响，增加生化妊娠的发生风险。
