胎儿先天性心脏病的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关，遗传因素有家族遗传倾向及染色体异常相关；环境因素包括母体感染、接触有害物质、患代谢性疾病等；其他因素有孕早期不良生活习惯、孕妇年龄较大等。
环境因素
母体感染：孕早期孕妇若感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育。研究表明，孕妇在妊娠前3个月内感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的概率显著升高，因为病毒会干扰心脏胚胎发育过程中的细胞分化、增殖等关键环节。
母体接触有害物质：孕妇长期接触放射性物质，如在没有做好防护措施的情况下进行放射检查或处于放射性工作环境中；或者接触化学毒物，像苯及其衍生物等，都可能导致胎儿心脏发育异常。放射性物质会破坏细胞的遗传物质，影响心脏发育相关的基因表达和细胞正常功能；化学毒物会干扰胚胎发育过程中的代谢途径，阻碍心脏的正常构建。
母体疾病影响：孕妇患有糖尿病等代谢性疾病时，血糖控制不佳会增加胎儿患先天性心脏病的风险。高血糖环境会影响胎儿的糖代谢，进而干扰心脏发育所需的营养供应和信号传导通路，导致心脏结构形成障碍。
其他因素
孕早期不良生活习惯：孕妇孕早期吸烟、酗酒等不良生活习惯也与胎儿先天性心脏病的发生有关。吸烟产生的尼古丁等有害物质会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿血管的发育和心脏的血液供应；酗酒则可能导致胎儿酒精综合征，其中心脏发育异常是常见表现之一，酒精会干扰胎儿心脏细胞的生长和分化。
年龄因素：孕妇年龄较大（大于35岁）时，胎儿发生先天性心脏病的风险相对增加。随着孕妇年龄的增长，卵子质量可能下降，染色体发生异常的概率升高，从而影响胎儿心脏发育。例如，高龄孕妇胎儿患21-三体综合征等染色体异常相关先天性心脏病的几率比年轻孕妇高。
