乙肝疫苗有一般禁忌和特殊人群禁忌。一般禁忌包括过敏体质者、急性疾病患者、慢性疾病急性发作期患者；特殊人群禁忌有妊娠期女性、患严重神经系统疾病者、免疫功能低下者。
过敏体质者：对乙肝疫苗所含成分过敏，如酵母、甲醛等物质过敏者禁忌接种。过敏体质可能在接种后引发严重过敏反应，如过敏性休克等，这是因为过敏体质者的免疫系统对外来物质过度敏感，接种乙肝疫苗后免疫系统被激活，异常反应可能危及生命。
急性疾病患者：处于发热、急性严重感染等急性疾病期的患者禁忌接种。此时人体免疫力本身处于应激状态，接种乙肝疫苗可能加重病情，也可能影响疫苗效果，还可能导致不良反应加重。
慢性疾病急性发作期患者：如慢性肝炎活动期、活动性肺结核等慢性疾病处于急性发作阶段时禁忌接种。慢性疾病急性发作时身体的病理生理状态不稳定，接种乙肝疫苗可能干扰疾病的正常治疗和恢复，同时增加接种不良反应发生的风险。
特殊人群禁忌
妊娠期女性：一般不建议接种乙肝疫苗。虽然目前没有明确证据表明乙肝疫苗会对胎儿造成不良影响，但为了安全起见，妊娠期女性通常暂缓接种，待分娩后再根据情况决定是否接种。这是因为妊娠期女性身体处于特殊的生理状态，任何外来的刺激都需要谨慎对待，以避免可能存在的未知风险。
患严重神经系统疾病者：如未控制的癫痫、格林-巴利综合征等严重神经系统疾病患者禁忌接种。乙肝疫苗接种后可能引发免疫反应，对于神经系统疾病患者，这种免疫反应可能影响神经系统的功能，导致原有疾病加重或出现新的神经系统症状。
免疫功能低下者：如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者等。这类人群自身免疫系统功能异常，接种乙肝疫苗后可能无法产生足够的免疫应答，从而不能有效产生保护性抗体，达不到接种乙肝疫苗预防乙肝的目的。同时，还可能因接种疫苗而引发潜在的感染或其他不良反应。
