阴茎扭转的成因包括胚胎发育异常（相关基因和信号通路调控异常、胚胎早期发育调控异常与多种因素相关）、解剖结构异常（阴茎海绵体发育不对称、尿道海绵体与阴茎海绵体连接异常）以及外界因素影响（胎儿宫内位置异常、产伤因素）。
解剖结构异常
1.阴茎海绵体发育不对称：正常情况下，阴茎海绵体左右两侧发育应相对对称，以保证阴茎处于直立且位置正常的状态。但如果一侧阴茎海绵体发育过于粗壮，另一侧相对细弱，就会造成阴茎在勃起或松弛状态下出现扭转倾向。这种解剖结构上的不对称可能是先天性的，也可能是在胚胎发育过程中局部组织生长不均衡所致。
2.尿道海绵体与阴茎海绵体连接异常：尿道海绵体与阴茎海绵体之间的连接方式对于维持阴茎的正常位置至关重要。如果两者之间的连接组织出现发育异常，如连接纤维分布不均等，就可能影响阴茎的稳定性，导致阴茎扭转发生。例如，连接纤维在某一侧过于薄弱，无法有效固定阴茎位置，使得阴茎容易向另一侧发生扭转。
外界因素影响
1.胎儿在宫内位置异常：在妊娠期间，胎儿在子宫内的活动空间相对有限。如果胎儿在宫内长时间处于异常体位，如过度偏向一侧、频繁大幅度扭转身体等，会对阴茎产生持续的外力作用，这种外力可能会干扰阴茎正常的位置发育，增加阴茎扭转的发生风险。尤其是在妊娠中晚期，胎儿活动相对活跃，若宫内环境不利于胎儿体位保持正常，就更易影响阴茎的正常形态发育。
2.产伤因素：在分娩过程中，尤其是顺产时，胎儿经过产道的挤压可能会对阴茎造成一定的机械性损伤。如果产程不顺利，胎儿头部或身体对阴茎部位施加了不当的压力或扭转力，可能导致阴茎海绵体、尿道海绵体等组织受损，进而引发阴茎扭转。这种情况在胎位异常、胎儿过大等分娩困难的情况下发生的概率相对较高。例如，当胎儿以异常胎位通过产道时，阴茎受到的挤压力度和方向可能超出正常范围，从而造成阴茎结构的改变和扭转。
