脑炎后遗症显现时间受多种因素影响，感染后早期部分患者可能出现初步后遗症表现，亚急性期及慢性期数周甚至数月后可能显现更多典型后遗症，其受病因、病情严重程度、患者年龄、治疗干预情况等综合影响。
感染后早期阶段：部分患者在脑炎急性期可能就会出现一些初步的后遗症相关表现。例如，某些病毒性脑炎患者，在发病后的数天至几周内，可能会出现头痛、呕吐、意识障碍等基础脑炎症状未完全缓解，或者开始出现如肢体运动障碍的早期迹象，部分患儿可能表现为肢体活动不灵活等情况，这与脑炎导致脑部神经细胞受损，神经功能未完全恢复有关，年龄较小的儿童由于神经系统发育特点，可能在症状显现上与成人有一定差异，儿童的神经系统可塑性相对较强，但如果脑炎损伤严重，也可能较快出现后遗症相关表现。
亚急性期及慢性期：通常在脑炎发病后的数周甚至数月后可能会逐渐显现出更多典型的后遗症。比如，一些患者可能在脑炎发病1-3个月后开始出现认知功能障碍，表现为记忆力减退、注意力不集中等，这与脑炎影响了大脑的认知相关区域，如海马等结构有关，不同年龄人群在脑炎后遗症显现时间和具体表现上可能存在差异，老年人本身神经系统功能处于逐渐衰退状态，若发生脑炎，相对年轻人可能更早出现后遗症或者后遗症表现更明显，而儿童如果脑炎后及时进行康复等干预，可能会在一定程度上延迟后遗症的明显显现，但如果干预不及时，也会较快出现相应后遗症表现。
脑炎后遗症的显现时间受到脑炎的病因（如病毒、细菌等不同病原体感染导致脑炎的后续恢复情况不同）、病情严重程度（病情越重，神经细胞损伤越严重，越容易较早出现后遗症或后遗症表现更明显）、患者年龄（儿童与成人神经系统特点不同，儿童有一定自我修复潜力，但严重损伤时也会较快显现）、治疗干预情况（是否及时有效的治疗，如早期是否进行了规范的抗病毒、抗炎等治疗，以及是否进行了及时的康复等后续干预，及时有效的治疗和康复干预可能会延缓后遗症显现或减轻后遗症严重程度）等多种因素综合影响。
