非淋菌性尿道炎由非淋菌病原体引起，男性典型症状为尿道刺痒、灼痛等，可并发附睾炎、前列腺炎；女性多数症状不明显，有症状者尿道不适，宫颈可出现炎症，可并发盆腔炎等，影响生育，新生儿通过产道感染可致眼结膜炎、肺炎，妊娠期女性感染易致早产等，免疫力低下人群症状不典型、易迁延不愈且治疗复杂。
男性症状：
典型症状：起病相对较缓，典型表现为尿道刺痒、灼痛，还可伴有轻重不同的尿频、尿急、尿痛。尿痛症状比淋病轻，有的患者仅表现为尿道不适。部分患者尿道口有黏液性或黏液脓性分泌物，量较少，晨起时可发现尿道口有少量分泌物结成的痂膜封住尿道口（称为“糊口”现象）。
并发症表现：如不及时治疗，可能引起附睾炎，表现为附睾部位疼痛、肿大、触痛等；少数患者可出现前列腺炎，有会阴部不适、坠胀等感觉。
女性症状：
尿道症状：多数患者症状不明显，有症状者主要表现为尿道不适，如尿道灼热感、刺痛，也可出现尿频、尿急，尿痛症状一般比淋病轻。
宫颈症状：宫颈是女性生殖系统中容易被感染的部位，感染后可出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物等。
并发症表现：女性若病情迁延不愈，容易引发盆腔炎等并发症，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，严重时可能影响生育功能，导致输卵管粘连、阻塞等，进而引起宫外孕或不孕。
不同人群表现差异：
新生儿：如果母亲患有非淋菌性尿道炎，新生儿通过产道时可能被感染，引起眼结膜炎，出现眼结膜充血、水肿、有分泌物等症状；也可能发生肺炎，表现为呼吸增快、咳嗽、气促等。
妊娠期女性：感染后除了自身尿道、宫颈等部位的症状外，更需要关注对胎儿的影响，可能增加早产、胎膜早破等风险，而且胎儿经产道感染的概率也会升高，进而出现上述新生儿感染相关表现。
免疫力低下人群：如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等人群，感染非淋菌性尿道炎后症状可能不典型，或者病情更容易迁延不愈，并发症发生的风险相对更高，且治疗相对更复杂，需要更密切监测病情变化。
