小孩病毒性脑炎的治愈情况受病情严重程度、治疗开始时间、个体差异等多方面因素影响，轻症多数可完全治愈，重症治愈难度大且易留后遗症，早期治疗利于提高治愈率，年龄小、有基础疾病的小孩治愈相对困难。
轻症病毒性脑炎：若小孩感染的病毒毒力较弱，且患儿自身免疫状况较好，病情相对较轻，主要表现为轻度发热、头痛、乏力等症状，经过及时规范的治疗，多数患儿可以完全治愈，预后良好，一般不会遗留明显的神经系统后遗症。例如一些由肠道病毒引起的轻症病毒性脑炎患儿，通过抗病毒及对症支持治疗，数周内便可康复。
重症病毒性脑炎：部分小孩感染的病毒致病性强，或者患儿自身免疫反应过度强烈，病情发展迅速，可出现高热、抽搐、意识障碍（如昏迷）、颅内压增高（表现为频繁呕吐、前囟饱满等）等严重症状。这类重症患儿治愈难度较大，可能会遗留不同程度的神经系统后遗症，如智力减退、癫痫、肢体运动障碍、认知障碍等。但随着医疗技术的进步，通过积极的综合治疗，如降低颅内压、控制惊厥、维持水电解质平衡等，也有部分重症患儿能够挽救生命并改善预后。
治疗开始时间的影响
早期治疗：如果能在病毒性脑炎发病早期就明确诊断并及时开始治疗，有利于控制病情进展，提高治愈率，减少后遗症的发生风险。因为早期病毒对脑组织的损伤相对较轻，及时干预能够有效抑制病毒复制，减轻炎症反应对脑组织的破坏。
延误治疗：若就诊不及时，病情延误，脑组织已经受到较为严重的损伤，那么治愈的难度会大大增加，即使经过治疗，也更容易遗留后遗症。
个体差异的影响
年龄因素：年龄较小的婴儿患病毒性脑炎时，病情变化往往较为迅速，而且自身的代偿能力相对较弱，治愈难度可能相对大一些，发生后遗症的风险也较高。而年龄稍大一些的儿童，相对来说恢复能力可能会稍好一些，但也不是绝对的，仍需根据具体病情判断。
基础健康状况：如果小孩本身有基础疾病，如先天性免疫缺陷等，那么患病毒性脑炎后治愈会更困难，因为基础疾病会影响机体的免疫功能和对疾病的抵抗能力，不利于病情的恢复
