含牙囊肿又称滤泡囊肿，主要因牙齿发育异常所致，包括牙齿发育阶段异常、可能受遗传因素潜在影响、局部感染等诱发及发育性牙板剩余相关，儿童因牙齿正处发育阶段更易发病，有家族遗传倾向人群需加强牙齿发育监测。
牙齿发育阶段的异常：在牙齿发育的早期，成釉器凹陷形成的含有牙冠的部分，如果出现上皮剩余或者上皮细胞的分泌功能异常，导致液体积聚，就可能逐渐形成含牙囊肿。例如，在恒牙胚形成过程中，缩余釉上皮与牙冠之间液体潴留可发展为含牙囊肿；对于乳牙，也可能因类似的机制形成含牙囊肿，但相对少见。
遗传因素的潜在影响：有研究表明，遗传因素可能在含牙囊肿的发生中起到一定作用。某些特定的基因变异可能会影响牙齿发育相关的细胞分化、增殖和上皮-间充质相互作用等过程，增加含牙囊肿发生的风险。不过，目前关于含牙囊肿与遗传因素的具体关联还在进一步的研究中，具体的相关基因及作用机制尚未完全明确。
局部感染等因素的诱发：局部的感染可能会影响牙齿周围组织的正常发育和代谢。当牙齿周围组织发生感染时，可能会干扰成釉器的正常功能，导致液体的异常潴留，从而促进含牙囊肿的形成。例如，牙齿萌出过程中如果发生了牙龈的感染，炎症刺激可能影响缩余釉上皮的正常状态，使得液体潴留形成囊肿。
发育性的牙板剩余相关：牙板是牙齿发育的原始结构，在牙齿发育完成后，牙板的剩余部分可能会发生异常增殖和变化。如果牙板剩余细胞发生异常分化，可能参与到含牙囊肿的形成过程中。牙板剩余细胞在特定的环境因素影响下，可能转化为具有分泌功能的上皮细胞，导致液体积聚形成囊肿。
对于儿童患者，由于其牙齿正处于不断发育的阶段，相比成人，牙齿发育相关的异常更容易导致含牙囊肿的发生。在儿童的生长过程中，家长需要密切关注儿童牙齿的发育情况，一旦发现牙齿萌出异常、牙龈有异常肿胀等情况，应及时就医检查。对于有家族遗传倾向的人群，尤其是家族中有亲属患有含牙囊肿等牙齿发育相关疾病的，更要加强对牙齿发育情况的监测，以便早期发现和处理含牙囊肿相关问题。
