非淋菌性尿道炎的病原体主要有沙眼衣原体（约占30%-50%）、解脲支原体（约占10%-20%）、人型支原体等；其诱因包括不洁性行为（是重要危险因素，性活跃期年轻人易感染）、局部卫生状况差（如男性包皮过长不注意清洁易滋生病原体）、机体免疫力低下（患慢性病、长期用免疫抑制剂等易受侵袭）、间接接触传播（虽少见，免疫力低人群接触污染物品可能感染）。
解脲支原体：也是常见的致病微生物，约10%-20%的非淋菌性尿道炎由其引起。解脲支原体同样主要通过性接触传播，感染后症状相对较轻，部分患者可无明显症状，有症状者主要表现为尿道不适、刺痛，分泌物多为浆液性。
人型支原体：较少引起非淋菌性尿道炎，但也有一定比例的感染。人型支原体感染的传播途径主要为性接触，感染后可导致尿道炎症相关表现。
其他因素
不洁性行为：不安全性行为是非淋菌性尿道炎的重要危险因素。有多个性伴侣、初次性交年龄小等情况会显著增加感染非淋菌性尿道炎病原体的风险。例如，性活跃期的年轻人，由于性行为相对频繁且可能缺乏有效的防护措施，更容易感染相关病原体引发非淋菌性尿道炎。
局部卫生状况：个人局部卫生不良，如不经常清洗外生殖器等，会使病原体更容易在局部滋生繁殖，增加感染非淋菌性尿道炎的可能性。尤其是男性包皮过长者，若不注意清洁，包皮垢积聚容易为病原体提供生存环境。
机体免疫力低下：当人体免疫力下降时，如患有某些慢性疾病（糖尿病等）、长期使用免疫抑制剂等情况，对病原体的抵御能力减弱，更容易受到沙眼衣原体、解脲支原体等病原体的侵袭而引发非淋菌性尿道炎。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体抵抗力下降，比正常人更易发生非淋菌性尿道炎感染。
间接接触传播：虽然相对少见，但也存在通过接触被污染的衣物、毛巾、浴盆等间接传播的可能。尤其是免疫力较低的人群，如儿童（但儿童非淋菌性尿道炎相对少见，多因间接接触或母婴传播等，但主要还是与接触污染物品有关），接触被污染的物品后可能感染病原体引发尿道炎，但这种情况发生的概率远低于性接触传播。对于儿童，如果发现有尿道不适等疑似症状，需要考虑是否有接触污染物品的可能，并及时就医检查。
