脑炎后遗症可导致运动功能障碍（如肢体瘫痪影响正常动作）、认知障碍（如记忆力减退、注意力不集中、思维能力下降）、语言障碍（如说话不清、失语）、精神行为异常（如情绪不稳定、异常行为）、癫痫发作（如突然意识丧失、肢体抽搐等），不同年龄段患者受影响情况不同。
认知障碍
患者可能存在认知方面的改变，例如记忆力减退，难以记住近期发生的事情、人物等。还可能出现注意力不集中，在学习或日常活动中难以长时间保持专注。另外，思维能力也可能受到影响，表现为理解能力下降、计算能力减退等。这是由于脑炎损伤了大脑中与认知功能相关的脑区，如海马体等，这些脑区对于记忆、注意力和思维等认知过程起着关键作用。对于成年人来说，认知障碍可能会影响其工作和生活；对于儿童，则可能阻碍其学习和智力发展。
语言障碍
部分脑炎后遗症患者会有语言障碍，表现为说话不清，难以流畅表达自己的想法。有的患者可能出现失语症，比如运动性失语，表现为能理解他人话语，但自己无法用语言准确表达；或者感觉性失语，能说话但内容无法被他人理解。这是因为大脑中的语言中枢受到了脑炎的损伤，语言中枢负责语言的产生、理解和表达等功能，受损后就会出现相应的语言障碍症状。在不同年龄段的患者中，语言障碍都会对其社交和沟通产生不利影响，儿童可能因此影响与同伴的交流和学习，成年人则可能影响工作中的沟通协作。
精神行为异常
患者可能出现精神行为方面的异常，比如情绪不稳定，容易出现烦躁、易怒、抑郁等情绪。有的患者会有异常的行为表现，如重复刻板动作、胡言乱语等。这是因为脑炎影响了大脑中调节情绪和行为的神经递质系统以及相关脑区，导致神经递质失衡和脑区功能紊乱。对于老年患者来说，精神行为异常可能会影响其生活质量和家庭关系；对于儿童患者，可能会对其心理发育产生不良影响。
癫痫发作
部分脑炎后遗症患者会出现癫痫发作，表现为突然的意识丧失、肢体抽搐、口吐白沫等症状。这是由于脑炎导致大脑神经元异常放电，当异常放电达到一定程度时就会引发癫痫发作。癫痫发作的频率和严重程度因人而异，有的患者可能偶尔发作一次，有的患者则可能频繁发作。癫痫发作会对患者的身体造成伤害，尤其是在发作时可能会导致意外伤害，对于儿童患者来说，频繁的癫痫发作还可能影响其大脑的进一步发育。
