慢性尿道炎与淋病在临床表现、实验室检查、病史及接触史方面均有不同。慢性尿道炎症状迁延，尿道分泌物涂片镜检淋球菌阴性，培养无淋病奈瑟菌，多有较长时间尿道不适积累及既往局部刺激等病史；淋病急性表现典型，涂片镜检可见中性粒细胞内革兰阴性双球菌，培养可检出淋病奈瑟菌，有明确不洁性行为等短时间高危接触史，性活跃期人群易患，女性因解剖结构等略有不同。
淋病：急性淋病典型表现为尿道口红肿、发痒及轻度刺痛，继而有稀薄黏液流出，很快变成黏稠脓性分泌物，颜色呈黄色、黄绿色等，排尿时有明显的尿频、尿急、尿痛，女性患者可能同时有宫颈等部位的感染表现，症状相对较为急性且典型，发病往往较急，年龄上各年龄段有发病可能，有不洁性行为等高危生活方式的人群更易罹患，有淋病接触史的人群患病风险高。
实验室检查方面
尿道分泌物涂片镜检：
慢性尿道炎：可见到少量白细胞等炎症细胞，但一般淋球菌检测阴性，通过革兰染色等方法检查，找不到淋病奈瑟菌。
淋病：涂片镜检可见中性粒细胞内有革兰阴性双球菌，也就是淋病奈瑟菌，这是重要的诊断依据之一，在有典型临床表现的情况下，若镜检发现该菌基本可初步考虑淋病。
病原体培养：
慢性尿道炎：培养可能发现普通的致病细菌等，如大肠杆菌等，培养出的病原体一般不是淋病奈瑟菌。
淋病：通过尿道分泌物等进行淋病奈瑟菌培养，可明确检测到淋病奈瑟菌，培养阳性基本可确诊淋病，年龄对培养结果影响不大，性别上无特殊影响，生活方式中不安全性行为等是导致培养出淋病奈瑟菌的重要因素，有淋病奈瑟菌感染接触史的人群培养更易出现阳性结果。
病史及接触史方面
慢性尿道炎：多有较长时间的尿道不适症状积累过程，可能有既往尿道局部刺激、感染未彻底治愈等病史，生活中可能存在长期的局部卫生不良等情况，不同年龄、性别人群因各自不同的生活及健康状况有不同的病史特点，比如儿童若有尿布更换不及时等情况可能增加慢性尿道炎风险，女性孕期激素变化等也可能影响尿道健康导致慢性尿道炎发生。
淋病：有明确的不洁性行为等接触史，一般发病前有较短时间内的高危接触经历，年龄上性活跃期人群相对更易因性接触感染淋病，性别上男性和女性均可通过性接触等感染，但女性可能因解剖结构等因素表现及传播特点略有不同，生活方式中性乱等高危行为是关键影响因素，有淋病患者接触史的人群需高度警惕淋病发生。
