先天性糖尿病的发病因素包括遗传因素（单基因遗传突变致胰岛β细胞功能异常，家族遗传倾向增加后代风险）、发育异常因素（胎儿期胰腺发育不全或异常致胰岛β细胞不能正常分泌胰岛素）、自身免疫因素（自身免疫攻击胰岛β细胞，与遗传易感性和环境因素共同作用）及其他因素（母亲孕期患妊娠糖尿病且血糖控制不佳、营养状况异常影响胎儿胰岛发育和功能）。
发育异常因素
胰腺发育不全或异常：胎儿在发育过程中胰腺发育出现问题，如胰腺β细胞数量减少或功能异常。在胚胎发育时期，胰腺的正常分化、增殖和成熟对于胰岛β细胞的正常形成至关重要。如果在这个过程中受到某些因素影响，比如母体在孕期接触了一些不良因素（如某些致畸药物、感染等），可能干扰胰腺的正常发育，导致出生后胰岛β细胞不能正常分泌胰岛素，从而引发先天性糖尿病。这种发育异常导致的先天性糖尿病在胎儿期的发育环境因素影响下发病，患儿可能在出生后不久就表现出高血糖等糖尿病相关症状，对于这类患儿，需要早期识别并进行干预，因为胰腺发育异常导致的胰岛素分泌不足是持续性的，需要长期关注血糖情况。
自身免疫因素
自身免疫攻击胰岛β细胞：虽然先天性糖尿病中自身免疫因素导致的相对较少，但也有部分情况。在一些先天性糖尿病患儿中，自身免疫系统错误地攻击胰岛β细胞，导致胰岛β细胞受损，胰岛素分泌减少。自身免疫反应的发生可能与遗传易感性以及环境因素共同作用有关。具有自身免疫性糖尿病遗传易感性的个体，在遇到某些环境触发因素（如病毒感染等）时，免疫系统被激活，产生针对胰岛β细胞的自身抗体，如胰岛细胞抗体、胰岛素自身抗体等，这些抗体攻击胰岛β细胞，影响其功能。对于有自身免疫相关遗传背景的患儿，在病毒感染等环境因素影响下更易发病，在临床诊断中需要注意排查自身免疫相关的抗体情况来辅助诊断先天性糖尿病。
其他因素
宫内环境影响：母亲在孕期的一些情况会影响胎儿的血糖代谢和胰岛发育。例如母亲孕期患有妊娠糖尿病且血糖控制不佳，过高的血糖环境会通过胎盘影响胎儿，导致胎儿胰岛β细胞功能受影响，出生后易发生先天性糖尿病。另外，母亲孕期的营养状况也可能有影响，营养不良或营养过剩都可能干扰胎儿胰腺的正常发育和胰岛细胞的功能。对于母亲有妊娠糖尿病病史的胎儿，出生后需要密切监测血糖，因为宫内高血糖环境已经对胎儿胰岛功能产生了不良影响，出生后发生先天性糖尿病的风险增加。
