双侧基底节区腔隙性脑梗死的发生与血管因素（高血压使脑内小动脉病理改变致血管腔狭窄，动脉粥样硬化致血管管腔狭窄血流减少）、血液因素（高凝状态及凝血机制异常易形成血栓堵塞小血管）、其他因素（年龄增长使病变几率增加，不良生活方式如吸烟饮酒不利脑血管健康，基础病史如糖尿病、心脏病增加发病风险）相关。
动脉粥样硬化：动脉粥样硬化可使双侧基底节区的血管管腔狭窄、血流减少。粥样硬化斑块会逐渐阻塞血管，影响脑部的血液供应，当供应基底节区的小血管发生粥样硬化时，就容易形成腔隙性脑梗死。动脉粥样硬化的发生与年龄、高脂血症、吸烟等多种因素相关，随着年龄增长，动脉粥样硬化的发生率逐渐升高，高脂血症会导致血脂在血管壁沉积，加速动脉粥样硬化进程，吸烟则会损伤血管内皮，促进动脉粥样硬化发展。
血液因素
高凝状态：某些疾病或状态可导致血液处于高凝状态，如真性红细胞增多症、血小板增多症等。在高凝状态下，血液更容易形成血栓，堵塞双侧基底节区的小血管，引发腔隙性脑梗死。真性红细胞增多症患者的红细胞数量明显增多，血液黏稠度增加，易形成血栓；血小板增多症患者血小板数量异常增多，也会增加血液的凝固性，增加脑梗死风险。
凝血机制异常：凝血因子异常等凝血机制问题也可能导致双侧基底节区腔隙性脑梗死。例如，某些遗传性或获得性的凝血因子缺乏或功能异常，会影响正常的凝血-抗凝血平衡，使血液更容易形成血栓，从而阻塞小血管。
其他因素
年龄：随着年龄的增长，脑血管发生病变的几率增加。老年人血管弹性下降、血管壁受损等情况较为常见，更容易出现血管狭窄、硬化等问题，进而增加双侧基底节区腔隙性脑梗死的发生风险。一般来说，50岁以上人群双侧基底节区腔隙性脑梗死的发生率明显高于年轻人群。
生活方式：长期吸烟、大量饮酒等不良生活方式也是双侧基底节区腔隙性脑梗死的危险因素。吸烟会损害血管内皮，引起血管收缩、血液黏稠度增加；大量饮酒可导致血压升高、血脂紊乱等，这些都不利于脑血管健康，增加脑梗死发生的可能性。
基础病史：患有糖尿病的患者，长期高血糖状态会损伤血管内皮细胞，促进动脉粥样硬化的发生发展，同时还会影响血液的流变学特性，使血液处于高凝状态，从而增加双侧基底节区腔隙性脑梗死的发病风险。此外，患有心脏病如心房颤动的患者，心房颤动时心房收缩不协调，容易形成附壁血栓，血栓脱落随血流循环可能堵塞双侧基底节区的小血管，引发腔隙性脑梗死。
