非特异性尿道炎诊断需进行病史采集，询问症状及性接触史；体格检查重点是外生殖器检查；实验室检查包括尿道分泌物涂片检查（革兰染色、沙眼衣原体抗原检测、支原体培养）、核酸检测（PCR检测）；还有尿液检查（尿常规、尿沉渣检查），不同年龄、性别患者有其特点，需结合多方面信息准确诊断。
性接触史：非特异性尿道炎与性接触关系密切，需详细询问患者近期的性伴侣情况、有无不洁性行为等，因为许多非特异性尿道炎是通过性接触传播的，如沙眼衣原体、解脲脲原体等感染引起的尿道炎往往与性传播相关。
体格检查
外生殖器检查：观察尿道口有无红肿、是否有分泌物溢出等情况。男性患者可查看阴茎头、尿道外口等部位；女性患者要检查尿道口周围情况，注意有无红肿、异常分泌物等。
实验室检查
尿道分泌物涂片检查：
革兰染色：取尿道分泌物进行革兰染色后镜检，可观察到中性粒细胞内有无革兰阴性双球菌等情况，用于初步排除淋病奈瑟菌感染等。一般每油镜视野下中性粒细胞数＞5个具有诊断意义，但该方法对于衣原体、支原体等感染的检测不敏感。
沙眼衣原体抗原检测：可采用免疫荧光法或酶联免疫吸附试验等检测尿道分泌物中的沙眼衣原体抗原，对于沙眼衣原体感染引起的非特异性尿道炎有一定的诊断价值。
解脲脲原体、人型支原体培养：通过采集尿道分泌物进行支原体培养，若培养出解脲脲原体或人型支原体等可明确诊断由其引起的非特异性尿道炎，但培养过程需要一定时间，且操作有一定要求。
核酸检测：
聚合酶链反应（PCR）检测：利用PCR技术检测尿道标本中的沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体的核酸，具有灵敏度高、特异性强的特点，能早期、快速诊断病原体感染。例如检测沙眼衣原体核酸，若结果为阳性则提示可能存在沙眼衣原体感染导致的非特异性尿道炎。
尿液检查
尿常规：可见白细胞计数增多，提示尿道有炎症反应，但尿常规检查不能直接确诊非特异性尿道炎的病原体，但可辅助判断炎症情况。如白细胞＞5个/高倍视野等提示可能存在泌尿系统炎症。
尿沉渣检查：进一步观察尿沉渣中细胞等的形态等情况，协助判断是否存在泌尿系统的感染等情况。
对于不同年龄、性别的患者，在诊断时需注意其特点。例如女性患者由于尿道较短等特点，症状可能不典型，诊断时更需结合多种检查综合判断；儿童患者发生非特异性尿道炎相对较少，但如果有相关症状也需按照上述诊断步骤进行详细检查，同时要考虑是否有特殊的感染途径等因素。在诊断过程中要充分结合患者的病史、症状、体格检查及实验室检查等多方面信息，以准确诊断非特异性尿道炎。
