颌骨含牙囊肿有局部和全身症状，局部有颌骨膨隆、面部畸形、牙齿异常、疼痛，全身在囊肿小且未感染时无异常，继发严重感染会有发热、乏力、食欲减退等，不同人群症状有差异。
颌骨膨隆：含牙囊肿通常起源于牙齿发育过程中的牙滤泡，随着囊肿内液体不断积聚，会逐渐使颌骨膨胀。不同部位的颌骨受累会有相应表现，如上颌骨受累可能导致面部相应区域隆起，下颌骨受累则可能使下颌部位膨隆。例如发生在下颌磨牙区的含牙囊肿，可能会使下颌磨牙区的颌骨逐渐膨大，外观上可见面部不对称。这种膨隆一般是缓慢进行性的，患者可能在无意中发现面部形态改变或者触摸到颌骨部位有异常隆起。
面部畸形：当囊肿较大时，会引起明显的面部畸形。比如上颌骨含牙囊肿较大时，可能导致鼻唇沟变浅、面部一侧肿胀等情况；下颌骨含牙囊肿严重时可造成下颌部明显变形，影响患者容貌外观。这是因为囊肿不断占据颌骨空间，破坏正常骨结构并向周围软组织扩展，从而改变面部的正常形态。
牙齿异常：囊肿内含有牙齿，可能会影响牙齿的位置和状态。部分患者可出现牙齿移位，原本排列整齐的牙齿变得拥挤或者移位；还有可能出现牙齿松动，这是由于囊肿的膨胀压迫周围牙槽骨，导致牙槽骨吸收，牙齿的支持组织受到破坏，进而出现松动现象；少数情况下，囊肿可能使牙齿萌出受阻，本该萌出的牙齿无法正常长出。
疼痛：一般情况下含牙囊肿生长缓慢，早期可能无明显疼痛症状。但当囊肿继发感染时，会引起局部疼痛。感染导致囊肿周围组织炎症反应，刺激神经末梢，从而出现疼痛，疼痛程度可轻可重，可为隐痛、胀痛或跳痛等，同时可能伴有局部红肿等炎症表现。
全身症状
一般情况：在囊肿较小且未继发感染时，患者全身情况通常无明显异常。但当囊肿继发严重感染，导致全身炎症反应时，可能会出现发热症状，体温可升高至38℃-39℃甚至更高，同时可能伴有乏力、食欲减退等全身不适症状。这是因为机体受到感染病原体的刺激，启动免疫反应，释放炎性介质，从而引起全身的一系列反应。例如，当含牙囊肿继发细菌感染后，细菌产生的毒素等物质进入血液循环，引起机体的全身炎症反应综合征，表现为发热、乏力等。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群，颌骨含牙囊肿的症状可能会有一定差异。例如儿童患者，由于颌骨处于发育阶段，含牙囊肿对颌骨发育的影响可能更为明显，面部畸形可能相对更严重；女性患者在生理期等特殊时期，由于机体激素水平变化，可能对炎症反应的敏感性略有不同，感染时疼痛等症状的表现可能与男性有所差异；有不良口腔卫生习惯的人群，相对更容易发生囊肿继发感染，从而出现更明显的疼痛、发热等全身症状；有既往颌骨疾病病史的人群，颌骨含牙囊肿的症状可能会受到原有疾病的影响，在临床表现上可能有一些不典型之处。
