真菌性脑膜炎的诊断需从病史采集、临床表现观察、实验室检查（包括脑脊液检查及血清学检查）、影像学检查等方面进行，特殊人群如免疫功能低下者、儿童等诊断需特殊考虑，病史采集要了解免疫低下等情况，临床表现有头痛、发热等，实验室检查脑脊液有外观、压力、细胞计数等改变及真菌学检查等，影像学检查头颅CT和MRI有相应表现，特殊人群需特殊对待。
临床表现观察
真菌性脑膜炎患者通常会有一些典型的临床表现。在症状方面，往往会出现头痛，且头痛程度较为剧烈，呈持续性加重；伴有发热，体温一般呈低热到中度发热，但也有部分患者体温波动不规律；还可能出现恶心、呕吐等颅内压增高的表现。在体征上，可能会有颈项强直，这是脑膜刺激征的重要表现之一；部分患者可能出现意识障碍，如嗜睡、昏睡甚至昏迷；眼底检查可能发现视乳头水肿，提示颅内压升高。不同年龄段患者临床表现可能有差异，儿童患者可能更易出现烦躁不安、拒食等非特异性表现；老年患者症状可能相对不典型，需更细致观察。
实验室检查
脑脊液检查：
外观：真菌性脑膜炎患者的脑脊液外观多为无色透明或微浑浊。
压力：颅内压通常升高，通过腰椎穿刺测定脑脊液压力可发现。
细胞计数与分类：白细胞计数轻度升高，以淋巴细胞为主。
生化检查：蛋白含量升高，葡萄糖含量降低，这是真菌性脑膜炎脑脊液生化检查的典型改变，葡萄糖降低主要是因为真菌代谢消耗葡萄糖以及影响了葡萄糖的转运等。
真菌学检查：
涂片镜检：采用墨汁染色等方法，若在脑脊液涂片镜检中发现隐球菌等真菌的菌体形态，对诊断有重要提示作用。例如新型隐球菌墨汁染色可见圆形或椭圆形的菌体，外周有宽厚荚膜。
真菌培养：将脑脊液接种于特定的真菌培养基上进行培养，若培养出相应的致病真菌，可明确病原菌。不同真菌有其特定的培养特性，如隐球菌在沙保弱培养基上$25^{\circ}C$和$37^{\circ}C$均可生长，形成酵母样菌落。
血清学检查：部分真菌相关抗原检测可辅助诊断，例如隐球菌荚膜多糖抗原检测，通过检测血清或脑脊液中的隐球菌荚膜多糖抗原，对隐球菌性脑膜炎有较高的诊断价值，其敏感性和特异性相对较高。
影像学检查
头颅CT检查：早期可能无明显异常，随着病情进展，可能发现脑室系统扩大、脑沟变窄等颅内压增高的表现，也可能发现脑实质内的病灶，如隐球菌性脑膜炎可能出现脑膜强化等表现。
头颅MRI检查：对真菌性脑膜炎的诊断更具优势，能更清晰地显示颅内病变情况。在T2加权像上，可能可见脑膜增厚、强化，脑实质内可能有异常信号影，有助于发现早期病变以及评估病变范围和严重程度。不同真菌引起的脑膜炎在MRI上可能有不同的影像特点，可为诊断提供参考。
特殊人群方面，对于免疫功能低下的患者，如艾滋病患者合并真菌性脑膜炎时，诊断需更加谨慎，要综合考虑其免疫状态对临床表现和实验室检查结果的影响，可能需要更频繁地进行脑脊液检查等相关操作；对于儿童患者，在进行腰椎穿刺等操作时需更加轻柔、规范，避免对儿童造成额外损伤，同时要注意儿童临床表现不典型可能导致的诊断延误情况，需结合多种检查手段综合判断。
