新生儿低血糖症的病因包括葡萄糖储存不足（早产、小于胎龄儿、围生期缺氧、低体温、母亲糖尿病等致糖原等储存或生成不足）、葡萄糖消耗增加（窒息、败血症、先天性心脏病、糖尿病母亲婴儿等致消耗增多或摄入不足）、内分泌和代谢性疾病（先天性内分泌疾病如垂体功能低下、甲状腺功能减退，遗传代谢性疾病如糖代谢相关酶缺陷、脂肪酸氧化代谢缺陷等致血糖异常）。
一、葡萄糖储存不足
1.早产：胎龄越小，肝糖原、脂肪、蛋白质储存越少。早产儿肝糖原储存主要在妊娠最后4-8周内积累，胎龄<32周、出生体重<1500g的早产儿肝糖原储存明显不足，出生后易发生低血糖。
2.小于胎龄儿：包括宫内生长受限的小于胎龄儿，这类新生儿不仅糖原储存少，而且糖异生途径中的酶活力也低，易出现低血糖。
3.围生期缺氧：缺氧时新生儿体内儿茶酚胺分泌增加，促使机体代谢率增高，耗氧量增加，而葡萄糖消耗也增多，同时缺氧导致肝脏和其他组织的灌注不足，影响糖原分解和糖异生，从而引起低血糖。
4.低体温：新生儿低体温时，机体代谢率增加，葡萄糖利用加速，同时低体温可抑制肝糖原分解及糖异生相关酶的活性，导致血糖产生减少，引发低血糖。
5.母亲糖尿病：母亲患有糖尿病时，体内高血糖可刺激胎儿胰岛β细胞增生，使胰岛素分泌增加，出生后脱离母体高血糖环境，但胰岛素水平仍较高，易发生低血糖。
二、葡萄糖消耗增加
1.窒息：新生儿窒息时，机体处于应激状态，儿茶酚胺大量释放，促进糖原分解，同时无氧酵解增强，葡萄糖消耗增多，若不能及时补充，易发生低血糖。
2.败血症：败血症时，病原体及其毒素可刺激新生儿机体释放炎症介质，使代谢率增高，葡萄糖利用加速，而感染导致的进食减少也使葡萄糖摄入不足，从而引发低血糖。
3.先天性心脏病：患有先天性心脏病的新生儿，尤其是复杂型先天性心脏病，由于心功能不全，组织灌注不足，代谢紊乱，葡萄糖消耗增加，同时可能存在喂养困难，导致葡萄糖摄入减少，易出现低血糖。
4.糖尿病母亲婴儿：除了糖原储存不足外，糖尿病母亲婴儿常存在高胰岛素血症，出生后血糖下降过快且明显，因为其体内胰岛素水平在出生后不能迅速下降，仍持续作用于机体，加速葡萄糖的利用，导致低血糖发生。
三、内分泌和代谢性疾病
1.先天性内分泌疾病
垂体功能低下：垂体前叶功能低下时，可导致生长激素、促肾上腺皮质激素等分泌减少。生长激素缺乏可影响糖原异生相关酶的活性，促肾上腺皮质激素缺乏则影响皮质醇的分泌，皮质醇是促进糖异生的重要激素，这些因素均可导致血糖降低。
甲状腺功能减退：甲状腺素缺乏时，新生儿的代谢率降低，葡萄糖的利用减少，但同时糖原分解和糖异生也受影响，导致血糖产生不足，从而引发低血糖。
2.遗传代谢性疾病
糖代谢相关酶缺陷：如半乳糖血症，是由于半乳糖-1-磷酸尿苷转移酶缺乏，使半乳糖不能转化为葡萄糖，导致血中半乳糖增高，葡萄糖生成减少；糖原累积症等也可因糖原代谢异常，影响葡萄糖的储存和生成，引发低血糖。
脂肪酸氧化代谢缺陷：某些脂肪酸氧化代谢相关的酶缺乏，导致脂肪酸不能正常氧化供能，机体为维持能量需求，过度消耗葡萄糖，而葡萄糖生成不足，引起低血糖。例如中链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症等，在新生儿期可表现为低血糖。
