甲状腺功能亢进症患者手术有诸多禁忌证，包括全身情况差不能耐受手术者，如年幼或高龄、重要脏器功能严重障碍者；病情未得到控制者，临床症状未缓解易诱发甲状腺危象；伴有其他严重系统疾病处于急性期者，如感染性疾病急性期会致感染扩散；妊娠早、晚期患者，早晚期手术分别易致流产、早产等不良妊娠结局。
一、全身情况差不能耐受手术者
年龄因素：对于非常年幼或高龄的患者，其身体的各项机能相对较弱，耐受手术的能力较差。年幼患者身体处于生长发育阶段，手术创伤可能对其生长发育产生不利影响；高龄患者常伴有其他基础疾病，如心脑血管疾病、呼吸系统疾病等，手术耐受性低。例如，80岁以上合并严重心肺功能不全的甲亢患者，手术风险极高，一般不考虑手术治疗。
重要脏器功能严重障碍者：
心血管系统：严重的心律失常且难以纠正，如顽固性心房颤动等，手术中及术后可能因心脏功能不稳定而出现心力衰竭等严重并发症。重度心力衰竭患者，心功能处于Ⅳ级，无法有效泵血维持机体正常循环，手术会进一步加重心脏负担，导致生命危险。
呼吸系统：严重慢性阻塞性肺疾病急性发作期，患者呼吸功能严重受损，通气和换气功能障碍，手术中可能需要机械通气支持，术后也容易发生肺部感染、呼吸衰竭等。例如，患者有长期吸烟史，合并重度肺气肿，肺功能检查提示肺活量明显降低，第一秒用力呼气容积占用力肺活量比值（FEV/FVC）显著下降，这种情况下手术禁忌。
肝脏、肾脏功能衰竭者：严重肝功能不全，如Child-Pugh分级C级，肝脏合成、代谢、解毒等功能严重受损，无法正常代谢手术相关药物及承受手术创伤带来的应激；严重肾功能衰竭，如尿毒症期，肾脏无法排出代谢废物及维持水电解质平衡，手术可能进一步加重肝肾损害，甚至危及生命。
二、甲状腺功能亢进症病情未得到控制者
临床症状未缓解：患者仍有明显的甲亢症状，如多汗、心悸、消瘦、烦躁等，血清甲状腺激素水平仍显著高于正常范围，促甲状腺激素（TSH）明显降低。此时手术风险极大，因为手术应激可能诱发甲状腺危象，甲状腺危象是甲亢严重的并发症，死亡率较高，表现为高热、大汗、心动过速、烦躁不安、谵妄甚至昏迷等。例如，血清游离三碘甲状腺原氨酸（FT）、游离甲状腺素（FT）显著升高，TSH极低的患者，需先通过药物等方法将甲状腺功能控制到接近正常后再考虑手术。
三、伴有其他严重系统疾病处于急性期者
感染性疾病急性期：如肺炎处于急性感染期，有发热、咳嗽、咳痰等明显感染症状，血液中白细胞计数升高、C-反应蛋白等炎症指标显著增高。此时手术会导致感染扩散，加重患者病情，应先积极控制感染后再评估手术可能性。又如急性胆囊炎，有右上腹疼痛、发热、黄疸等表现，手术可能诱发感染性休克等严重并发症，需待感染控制后再考虑针对甲亢的手术治疗。
四、妊娠早、晚期患者
妊娠早期：妊娠前3个月是胎儿器官形成的关键时期，手术可能导致流产等不良妊娠结局。同时，手术刺激可能引起甲状腺激素大量释放，影响胎儿发育。
妊娠晚期：妊娠最后3个月，手术可能诱发早产等情况，而且此时胎儿基本发育成熟，但手术带来的创伤及应激可能对胎儿产生不利影响，如导致胎儿宫内窘迫等，所以妊娠早、晚期的甲亢患者一般不考虑手术治疗，多采用药物等其他治疗方法。
