胎儿发育不良的原因包括母体因素（营养不足、患疾病、有不良生活习惯）、胎儿因素（染色体异常、基因缺陷）、胎盘和脐带因素（胎盘功能不全、脐带异常影响营养氧气输送）。
营养因素：孕妇在孕期如果存在营养不良的情况，比如蛋白质、维生素（如维生素B族、维生素C、维生素D等）、矿物质（如铁、钙、锌等）摄入不足，会影响胎儿的正常发育。例如，缺乏蛋白质会使胎儿的生长缺乏基本的物质基础；维生素D缺乏可能影响钙的吸收，导致胎儿骨骼发育异常等。不同年龄段的孕妇对营养的需求有所不同，一般来说，育龄女性及孕期女性需要保证均衡的饮食，以满足自身和胎儿的营养需求。对于有挑食、节食等不良生活方式的孕妇，更易出现营养摄入不均衡的情况。
疾病因素：孕妇患有某些疾病也会影响胎儿发育。如妊娠高血压疾病，会导致胎盘血流灌注不足，使胎儿获取营养和氧气减少，从而影响胎儿生长；患有糖尿病的孕妇，如果血糖控制不佳，高血糖可通过胎盘进入胎儿体内，刺激胎儿胰岛素分泌增加，促进蛋白、脂肪合成和抑制脂解作用，导致胎儿过度生长，但也可能因慢性缺氧等原因出现胎儿生长受限；自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，机体的免疫反应可能会对胎盘和胎儿造成损伤，影响胎儿发育。
不良生活习惯：吸烟、酗酒是常见的不良生活习惯。孕妇吸烟时，烟草中的尼古丁等有害物质会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎盘的血液循环，减少胎儿的血供和营养供应；酗酒则会使酒精通过胎盘进入胎儿体内，造成胎儿酒精综合征，导致胎儿生长发育迟缓、智力低下等多种问题。长期熬夜等不良作息也可能影响孕妇的内分泌等生理功能，进而影响胎儿发育。不同生活方式的孕妇，其胎儿发育不良的风险程度不同，长期有不良生活习惯的孕妇风险相对更高。
胎儿因素：
染色体异常：胎儿存在染色体数目或结构的异常是导致发育不良的重要原因之一。常见的如21-三体综合征（唐氏综合征）等染色体数目异常疾病，会使胎儿在多个系统出现发育异常，包括生长迟缓、特殊面容等。染色体结构异常也可能影响胎儿正常基因的表达和功能，从而阻碍胎儿正常发育。不同胎儿的染色体情况不同，若家族中有染色体异常相关疾病的遗传史，胎儿发生染色体异常的风险会增加。
基因缺陷：某些单基因的缺陷也可导致胎儿发育不良。例如，一些遗传性代谢疾病相关的基因缺陷，会影响胎儿体内物质的代谢过程，导致代谢产物蓄积或相关物质缺乏，进而影响胎儿的生长发育。有家族遗传病史的夫妇，胎儿发生基因缺陷相关发育不良的概率相对较高。
胎盘和脐带因素：
胎盘因素：胎盘功能不全是导致胎儿发育不良的常见原因。如胎盘面积过小、胎盘绒毛病变等会影响胎盘的物质交换功能，使胎儿获取的营养和氧气不足。胎盘早剥等严重的胎盘异常情况会突然中断胎儿的血供，对胎儿发育造成严重影响。不同孕周的胎盘功能不同，随着孕周增加，胎盘功能有其正常的变化规律，若出现偏离正常规律的胎盘异常情况，就可能影响胎儿发育。
脐带因素：脐带过细、脐带缠绕过紧、脐带打结等情况会影响脐带向胎儿输送营养和氧气的功能。例如，脐带缠绕过紧可能会压迫脐带，导致血流受阻，使胎儿处于缺氧、营养供应不足的状态，从而影响胎儿发育。脐带的这些异常情况在孕期可能通过超声检查等手段被发现，有脐带异常情况的胎儿发育不良风险相对升高。
