自身免疫性肝炎是由自身免疫反应介导的肝脏炎症性疾病，病因未完全明确，与遗传、免疫、环境因素有关。遗传具家族聚集性，部分基因多态性相关，不同年龄性别遗传影响有差异；免疫因素包括免疫耐受失衡和自身抗体产生，女性更易免疫耐受失衡，自身抗体产生与亚型相关；环境因素有感染因素（病毒感染可通过分子模拟诱发，不同年龄人群作用有差异）和药物或毒物（可作为半抗原等激发免疫反应，不同年龄性别受影响不同）。
家族聚集性：自身免疫性肝炎具有一定的遗传易感性，在一些家族中，自身免疫性肝炎的发病风险较高。研究发现，某些基因的多态性与自身免疫性肝炎的发病相关，例如人类白细胞抗原（HLA）基因复合体中的某些位点，HLA基因在免疫识别中起关键作用，特定的HLA基因型可能增加个体对自身抗原耐受丧失的风险，从而诱发自身免疫性肝炎。不同年龄、性别的人群中，遗传因素对自身免疫性肝炎发病的影响可能存在差异，一般来说，有家族史的人群相对更易患病，但具体的遗传模式较为复杂，不是简单的孟德尔遗传方式。
免疫因素
免疫耐受失衡：正常情况下，机体对自身抗原存在免疫耐受，不会发生针对自身抗原的免疫反应。而在自身免疫性肝炎患者中，免疫耐受机制遭到破坏。例如，抗原呈递细胞功能异常，不能有效呈递自身抗原并诱导免疫耐受，导致T淋巴细胞不能被适当调节，进而产生过度的免疫应答，攻击自身肝细胞。这种免疫失衡在不同年龄阶段的人群中都可能发生，女性相对男性更易出现免疫耐受失衡相关的自身免疫性肝炎，可能与女性的内分泌环境等因素有关，女性体内的雌激素等激素水平变化可能影响免疫系统的状态，使得女性在自身免疫性肝炎的发病中占据更高的比例。
自身抗体产生：患者体内会产生多种自身抗体，如抗核抗体（ANA）、抗平滑肌抗体（SMA）、抗肝肾微粒体抗体（LKM）等。这些自身抗体的产生是自身免疫反应的重要标志。例如，ANA可以与细胞核内的多种成分结合，SMA能与平滑肌细胞内的抗原反应，LKM则针对肝细胞微粒体内的特定抗原。自身抗体的产生机制尚不完全清楚，但可能与机体免疫系统错误地识别自身肝细胞成分作为外来抗原有关。不同自身抗体的出现可能与自身免疫性肝炎的不同亚型相关，在不同年龄和性别的患者中，自身抗体的谱型和阳性率可能有所不同，通过检测自身抗体有助于自身免疫性肝炎的诊断和亚型分类。
环境因素
感染因素：某些病毒感染可能与自身免疫性肝炎的发病有关。例如，肝炎病毒（如甲型、乙型、丙型肝炎病毒等）感染后，可能通过分子模拟机制诱发自身免疫反应。分子模拟是指病毒抗原的某些表位与自身肝细胞抗原的表位相似，机体免疫系统在清除病毒时，错误地攻击自身肝细胞。不同类型的病毒感染对自身免疫性肝炎发病的影响不同，而且在不同年龄人群中，感染因素的作用可能存在差异。儿童和青少年感染相关病毒后，由于免疫系统尚不完善，可能更易引发自身免疫性肝炎的发病；而成年人感染后，自身免疫调节机制相对复杂，发病情况则因人而异。
药物或毒物：某些药物或毒物可能诱发自身免疫性肝炎。例如，某些抗癫痫药物、甲基多巴等药物可能作为半抗原与肝细胞蛋白结合，形成新的抗原，从而激发自身免疫反应。长期接触某些化学毒物也可能干扰机体的免疫平衡，增加自身免疫性肝炎的发病风险。不同药物和毒物对不同年龄、性别的人群影响不同，例如某些药物在儿童中的使用可能需要更加谨慎，因为儿童的肝脏代谢和免疫系统发育尚未成熟，对药物的耐受性和反应与成人不同，更容易受到药物相关自身免疫性肝炎的影响；而某些毒物的接触可能在特定职业人群中更为常见，如化工厂工人等，不同性别在职业暴露方面可能存在差异，从而影响自身免疫性肝炎的发病。
