男性阴茎萎缩可由多种因素引起，年龄方面儿童期因先天性发育异常等少见，成年期随年龄增长雄激素水平下降可致相对萎缩；疾病因素包括内分泌疾病如性腺功能减退症、甲状腺疾病，阴茎本身病变如外伤、感染性疾病；生活方式因素有吸烟致血管收缩、酗酒干扰内分泌和损害海绵体、缺乏运动致肥胖影响激素和血液循环；其他因素包含药物影响和心理因素间接干扰神经内分泌系统从而可能引发阴茎萎缩相关表现。
一、年龄因素
（一）儿童期
儿童期阴茎萎缩相对少见，若存在先天性发育异常等情况可能导致阴茎发育迟缓、相对萎缩。例如先天性雄激素合成障碍等遗传因素相关疾病，会影响阴茎正常的胚胎发育过程，导致阴茎在儿童期就出现与正常发育不同的萎缩表现。
（二）成年期
随着年龄增长，男性体内雄激素水平会逐渐下降，这是导致成年男性阴茎可能出现萎缩相关表现的重要因素之一。一般男性在30-40岁后雄激素水平开始呈缓慢下降趋势，到老年期下降更为明显。雄激素对于维持阴茎的正常结构和功能有重要作用，雄激素水平降低可能会引起阴茎海绵体组织的一些变化，如海绵体平滑肌细胞减少等，从而可能表现出阴茎相对萎缩的情况。
二、疾病因素
（一）内分泌疾病
1.性腺功能减退症
原发性性腺功能减退症：如克氏综合征患者，染色体核型多为47，XXY，由于睾丸生精功能障碍，同时雄激素分泌减少，会出现阴茎萎缩、第二性征不明显等表现。这是因为睾丸是产生雄激素的主要场所，克氏综合征患者睾丸的正常结构和功能受到破坏，无法正常分泌足够的雄激素来维持阴茎的正常发育和功能。
继发性性腺功能减退症：下丘脑或垂体病变可导致促性腺激素分泌减少，进而影响睾丸雄激素的分泌。例如垂体瘤患者，垂体瘤可能压迫垂体组织，影响促性腺激素释放激素（GnRH）和促性腺激素（如黄体生成素、卵泡刺激素）的分泌，使得睾丸雄激素分泌不足，引起阴茎萎缩。
2.甲状腺疾病
甲状腺功能减退症时，甲状腺激素分泌减少，会影响机体的新陈代谢和内分泌平衡。甲状腺激素对男性生殖系统的正常功能有一定影响，甲状腺功能减退可能通过影响下丘脑-垂体-性腺轴功能，间接导致雄激素分泌减少，从而可能出现阴茎萎缩的情况。
(二)阴茎本身的病变
1.阴茎外伤
严重的阴茎外伤，如阴茎海绵体白膜破裂等情况，如果治疗不当或恢复不良，可能导致阴茎海绵体组织受损，影响阴茎的正常结构和血流供应等，进而引起阴茎萎缩。例如阴茎受到暴力撞击等导致海绵体结构破坏，后续组织修复过程异常，可能出现阴茎萎缩现象。
2.阴茎感染性疾病
慢性的阴茎感染，如反复的阴茎头炎未得到有效控制，炎症长期刺激可能影响阴茎的血液循环和组织营养供应，长期发展可能导致阴茎组织萎缩。另外，一些特殊病原体感染，如梅毒螺旋体感染引起的阴茎梅毒，如果病程迁延，也可能造成阴茎组织的破坏和萎缩。
三、生活方式因素
（一）吸烟
吸烟会影响血管内皮功能，导致血管收缩，减少阴茎海绵体血管的血液供应。长期吸烟的男性，其阴茎海绵体血管内皮细胞受损，血管内径变窄，血液灌注不足，长期下来可能影响阴茎的正常功能，甚至出现萎缩相关表现。研究表明吸烟男性发生勃起功能障碍以及阴茎形态改变的风险较不吸烟者明显升高。
(二)酗酒
长期大量酗酒会干扰机体内分泌功能，影响肝脏对激素的代谢等。酒精会抑制垂体促性腺激素的分泌，进而影响睾丸雄激素的合成和分泌。同时，酒精还可能直接损害阴茎海绵体的细胞结构和功能，导致阴茎勃起功能障碍以及可能的萎缩情况。例如长期酗酒者可能出现雄激素水平降低，同时阴茎海绵体组织受到酒精毒性作用影响，出现萎缩性改变。
（三）缺乏运动
缺乏运动的男性往往容易出现肥胖等问题。肥胖会导致体内雌激素水平相对升高，雄激素水平相对降低，因为脂肪组织中的芳香化酶可以将雄激素转化为雌激素。雌激素水平升高会抑制下丘脑-垂体-性腺轴，进一步影响雄激素分泌，从而可能引起阴茎萎缩相关表现。而且缺乏运动还可能影响全身血液循环，包括阴茎的血液循环，不利于阴茎维持正常结构和功能状态。
四、其他因素
（一）药物因素
某些药物的长期使用可能导致阴茎萎缩相关副作用例如长期使用一些抗肿瘤药物，部分抗肿瘤药物可能通过影响内分泌功能或直接对阴茎组织产生毒性作用，引起阴茎萎缩。另外，长期使用一些糖皮质激素类药物，也可能干扰体内激素平衡，导致雄激素分泌减少等情况，进而出现阴茎萎缩表现。
（二）心理因素
长期的焦虑、抑郁等不良心理状态可能通过影响神经内分泌系统，间接影响阴茎的功能。例如长期心理压力大的男性，可能出现下丘脑-垂体-性腺轴功能紊乱，导致雄激素分泌减少，同时影响阴茎海绵体的血流调节等，长期下来可能表现出阴茎萎缩相关的症状。但需要注意心理因素是通过神经内分泌等机制间接起作用，并非直接导致阴茎组织的萎缩性改变，而是通过影响激素和血流等环节间接影响阴茎状态。
