基孔肯雅热需要与登革热、寨卡病毒病、普通感冒等鉴别，要点有所不同，需要分别阐述。
1.登革热
二者均有发热、皮疹、关节痛等症状。但登革热发热多为双峰热，关节痛相对较轻，而基孔肯雅热关节痛更为剧烈且持续时间长。此外，登革热易出现出血倾向，如鼻出血、牙龈出血等，严重时可休克，基孔肯雅热此类出血表现相对少见。
2.寨卡病毒病
两者都可能引发皮疹和发热。不过寨卡病毒病更易导致结膜炎，且部分患者会出现小头畸形等先天性神经系统异常，而基孔肯雅热以关节痛为突出特征。
3.普通感冒
普通感冒发热、乏力等症状较轻，关节痛不明显，皮疹少见，且病程短，一般1-3天可自愈，基孔肯雅热症状更严重、病程更长。
