基孔肯雅热会引起脑炎、脑膜炎、吉兰-巴雷综合征等神经系统并发症。
1.脑炎
病毒突破血脑屏障进入脑实质，引发炎症反应。患者会出现剧烈头痛，疼痛程度常难以忍受，还伴有高热、呕吐症状。随着病情进展，可能出现意识障碍，从最初的嗜睡、昏睡逐渐发展到昏迷，严重威胁生命健康。
2.脑膜炎
主要影响脑膜，患者会感觉头部持续性胀痛，尤其在转动头部时疼痛加剧。同时，颈部肌肉会变得僵硬，屈颈时阻力明显增加。部分患者还会出现畏光、怕声等表现，对光线和声音刺激异常敏感。
3.吉兰-巴雷综合征
这是一种自身免疫介导的周围神经病，基孔肯雅热可能诱发。患者会逐渐出现肢体对称性无力，从下肢开始向上发展，严重时可导致呼吸肌麻痹，出现呼吸困难，需要借助呼吸机维持生命。
