基孔肯雅热的急性期症状通常持续7-10天，但具体时长因个体差异和病情轻重有所不同，多数患者可在两周内缓解。
急性期以突发高热为首发表现，体温常迅速升至39℃以上，伴随剧烈关节痛（多累及手、腕、膝等小关节）、全身性皮疹及肌肉酸痛。发热一般持续3-5天，随后逐渐消退，但关节疼痛可能持续更久，部分患者病程第5-7天时疼痛达到高峰，影响日常活动。此外，少数重症病例（如老年人或合并基础疾病者）可能出现持续高热、严重头痛或意识障碍，病程可能延长至2周以上。
值得注意的是，急性期后30%-50%的患者会遗留慢性关节痛，持续数月至数年，但这属于后遗症而非急性期症状。因此，若在疫区被蚊虫叮咬后出现高热伴关节痛，即使症状在10天内缓解，也需持续观察关节功能，必要时进行康复治疗。
