肝脓肿有全身症状如发热（多为持续性高热、弛张热伴寒战，儿童发热明显波动大、老年人不典型）、乏力；局部症状如肝区疼痛（多为右上腹或右季肋部持续性胀痛或钝痛可放射，儿童表述不确切、老年不典型）、肝脏肿大；还有其他症状如消化道症状（食欲不振、恶心、呕吐、腹胀等，儿童突出、老年加重）、少数患者出现黄疸（脓肿压迫或炎症波及胆道致胆汁排泄受阻胆红素入血引起，新生儿等出现黄疸需重视）。
乏力：患者常感到全身疲倦、无力，活动耐力下降。这是因为感染导致机体代谢紊乱，能量消耗增加，同时毒素吸收等因素影响了机体的正常生理功能，使患者整体状态变差。
局部症状
肝区疼痛：多表现为右上腹或右季肋部持续性胀痛或钝痛，疼痛可向右肩背部放射。这是由于脓肿增大，刺激肝包膜所致。例如，当肝脓肿位于肝右叶顶部时，疼痛可放射至右肩背部；若脓肿刺激膈肌，还可能伴有右肩部牵涉痛。对于儿童患者，可能无法准确表述疼痛部位，需家长仔细观察其是否有哭闹、拒按右上腹等表现；老年患者由于痛觉敏感性降低，肝区疼痛可能不典型，容易被忽视。
肝脏肿大：查体时可发现肝脏肿大，右上腹可触及有压痛的肿块。这是因为脓肿使肝脏体积增大，炎症累及周围组织导致局部肿胀。
其他症状
消化道症状：可出现食欲不振、恶心、呕吐、腹胀等症状。这是由于肝脏炎症影响了消化功能，胆汁分泌和排泄受到干扰，进而影响胃肠道的消化和吸收功能。例如，肝脏炎症可能导致胃肠蠕动减慢，消化液分泌减少，从而引起上述消化道不适。儿童患者消化道症状可能更为突出，因为其消化系统相对脆弱；老年人本身消化功能就有所减退，肝脓肿时消化道症状可能会加重其营养状况的恶化。
黄疸：少数患者可出现黄疸，表现为皮肤、巩膜黄染。这是因为脓肿压迫胆道或炎症波及胆道，导致胆汁排泄受阻，胆红素逆流入血引起黄疸。黄疸的出现提示病情可能较为严重，需要及时处理。对于新生儿或婴幼儿肝脓肿出现黄疸时，要高度重视，因为其肝脏解毒和代谢功能相对较弱，黄疸可能会对其神经系统等造成不良影响。
